Antimikrobiyel aktiviteye sahip enterokok suşlarının moleküler düzeyde tanımlanması ve antibiyotik dirençlilik düzeylerinin saptanması


Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2017

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: ESRA ŞENTÜRK

Danışman: PINAR ŞANLIBABA

Özet:

Bu çalışmada Ankara’daki çeşitli market, kasap ve pazarlardan temin edilen 503 adet farklı gıda örneğinden, 459 tanesinde enterokoklar için şüpheli koloni morfolojisi gözlemlenmiştir. Bunlardan 165’i 05-41 mm arasında değişen tür içi antibakteriyel inhibisyon zonu oluşturmuştur. 165 izolatın tamamı pH 9,6’da, % 6,5 NaCL’de ve 10- 45 oC’de gelişim özelliği göstermiştir. Gr (+), katalaz (-) ve eskulin hidrolizi (+) olarak da tanımlanan 165 izolat, muhtemel Enterococcus spp. olarak belirlenmiştir. 140 izolat α-hemolitik, 12 izolat β-hemolitik ve 13 izolat ise γ-hemolitik yapı göstermiştir. İndikatör suşa karşı en yüksek inhibisyon zonu oluşturan 100 enterokok izolatı seçilmiş ve bu suşlara API20 Strep test kitleri uygulanarak tür düzeyinde tanımlama yapılmıştır. 16S rDNA dizi analizleri sonucunda 100 enterokok suşunun 61’i E. faecium ve 39’u E. faecalis olarak belirlenmiştir. Tür düzeyinde tanımlamada API20 Strep test kitleri ile elde edilen başarı oranının % 68 olduğu saptanmıştır. Et ve fermente et ürünlerinde baskın tür olarak E. faecium, peynir örneklerinde ise E. faecalis tanımlanmıştır. Enterococcus suşlarının antibiyotik duyarlılık düzeylerinin belirlenmesinde 12 antibiyotik diski kullanılmıştır. Enterococcus suşlarının tamamı streptomisin ve vankomisine karşı duyarlılık gösterirken, nalidiksik aside karşı % 100 dirençlilik göstermiştir. Enterococcus suşlarının antibiyotik dirençlilikleri; kanamisine % 99, rifampine % 81, ampisiline % 60, eritromisine % 37, siprofloksasine % 34, tetrasikline % 9, penisilin G’ye % 8, kloramfenikole % 3 ve gentamisine % 2 olarak belirlenmiştir. Çalışmamızda E. faecalis suşlarının E. faecium suşlarına oranla daha fazla dirençlilik fenotipi gösterdiği belirlenmiştir.AbstractIn this study, suspicious colony morphology for Enterococcus was observed in 459 out of 503 different food samples from bazaars, butchers and markets in Ankara. Among them 165 isolates showed in-species antibacterial inhibition zones ranging from 05-41 mm. All the isolates had showed optimal growth at pH 9.6, 6.5% NaCL and 10-45°C. Also identified as Gr(+), catalase(-) and esculin hydrolysis(+) they were determined as possible Enterococcus spp. Out of 165 isolates, 140 isolates were α-hemolytic, 12 isolates β-hemolytic and 13 isolates γ-hemolytic. Among them, 100 enterococcal isolates with the highest inhibition zone against indicator strain were selected and identified using API20 Strep kits. As a result of 16S rDNA sequence analysis, 61 of the 100 enterococci strains were identified as E. faecium and 39 as E. faecalis. Identification at the species level, the success rate achieved with API20 Strep test kits was found as 68%. While E. faecium was the dominant species in meat and fermented meat products, E. faecalis strains were dominant in cheese samples. To determine the antibiotic susceptibility level of Enterococcus strains, 12 antibiotic discs were used. While all Enterococcus strains were susceptible to streptomycin and vancomycin, they showed 100% resistance against nalidixic acid. Antibiotic resistance of Enterococcus strains was found as; kanamycin 99%, rifampin 81%, ampicillin 60%, erythromycin 37%, ciprofloxacin 34%, tetracycline 9%, penicillin G 8%, chloramphenicol 3% and gentamicin 2%. In our study, it was determined that E. faecalis strains showed more resistance phenotype than E. faecium strains. Roman","serif";color:black'>% 9, penisilin G’ye % 8, kloramfenikole % 3 ve gentamisine % 2 olarak belirlenmiştir.