Türkiye'de infeksiyöz bronşitis viruslarının RT-PCR ile saptanması ve moleküler karakterizasyonu
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2016
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: ELİF MACİDE ARAL
Danışman: BARIŞ SAREYYÜPOĞLU
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Çalışmada, Türkiye'nin farklı bölgelerindeki işletmelerde solunum sistemi problemi görülen tavuk sürülerinde İnfeksiyöz Bronşitis'in(IB) teşhisi ve S1 geninin dizilendirilmesine dayalı karakterizasyonu amaçlandı. Türkiye'de solunum sistemi problemleri görülen farklı işletmelerden teşhis amacıyla Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Kanatlı Teşhis Laboratuvarı'na 2011-2014 yılları arasında gönderilen materyallerden (trakeal svap,trake, akciğerler, ileo-sekal tonsiller) guanidinium-thiocyanatefenol-kloroformekstraksiyon yöntemi ile RNA ekstraksiyonu gerçekleştirildi. Çalışmada incelenen 200 örneğin 125 tanesi 2011-2012 yılları arasında örneklendi ve -70°C'de donduruldu. Dondurulmuş olan bu örnekler RNA izolasyonu öncesinde embriyolu tavuk yumurtasına (ETY) ekildi, geriye kalan 75 örneğin RNA'sı direkt olarak izole edildi.Örneklerde IBV varlığının ortaya konması için ekstrakte RNA'lar S1 genine spesifik primer çiftlerinin kullanıldığı tek basamaklı nested reverse transcriptase polymerase chain reaction (nested-RT-PCR) tekniği ile araştırıldı. IBV yönünden pozitif örneklerin moleküler karakterizasyonu S1 geninin dizi analizi ile gerçekleştirildi. İncelenen 200 sürüden 41 (%20,5)'inde virüs genetik materyali saptandı, ancak 159 (%79,5) sürüde IBV saptanamadı. Pozitif örnekler dideoksi zincir sonlanma reaksiyonu yöntemiyle dizilendirildi. DNA dizileri NCBI'da bulunan GenBank veritabanında erişimleri olan infeksiyöz bronşitis virüslerinin tümüyle kıyaslanmak için BLAST programıyla incelendi. IBV izolatları arasındaki genetik ilişkiyi ortaya koymak için S1 genine ait nükleotid dizileri kullanılarak filogenetik ağaç oluşturuldu. İzolatlar %82 benzerlikle 2 ana gruba ayrıldı veörneklerin 14 tanesi %98-99 oranında (KP259312.1) TR8, 8 tanesi %98-99 oranında (EU780077.2) IS/1494/06, 11 tanesi %94-100 oranında (HM131453.1) isolate attenuated IS/1494/06, 2 tanesi %98 oranında (JX173488.1) Eg/CLEVB-2/IBV/012, 6 tanesi %99-100 oranında Mass aşı suşu (HM540074.1) GX-NN1 ile benzer bulundu. Türkiye'de infeksiyöz bronşitis virus suşlarının nested-RT-PCR ile saptanması ve sonrasında S1 geninin dizi analizine dayanan bu tekniğin ülkemizde tavuklarda görülen infeksiyöz bronşitis hastalığının teşhis ve karakterizasyonu ile moleküler epidemiyolojisine yönelik çalışmalarda ve aşı programlarının geliştirilmesinde faydalı olacağı düşünülmektedir.