Tavuklarda salmonella infantis izolasyonu ve PCR tabanlı yöntemlerle tanısı
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2016
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: ÖZLEM ŞAHAN YAPICIER
Danışman: BARIŞ SAREYYÜPOĞLU
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Tavuklarda Salmonella Infantis İzolasyonu ve PCR Tabanlı Yöntemlerle Tanısı Bu araştırmada, broyler kümeslere ait 120 adet altlık, 240 adet sekal svap, 200 adet kloakal svap, 190 adet bağırsak içeriği, 59 adet yem ve 39 adet toz örneği olmak üzere toplam 878 adet örnek Salmonella Infantis varlığı yönünden incelendi. Salmonella izolasyon ve identifikasyon çalışmaları ISO 6579:2002/Amd 1:2007, Ek D standardı uygulanarak gerçekleştirildi. Prosedür dahilinde ön zenginleştirme için Tamponlanmış Peptonlu Su (TPS), selektif zenginleştirme için Modified Rappaport Vasilliadis Semi Solid (MRSV) ve Muller Kauffmann Tetrathionat novobiocin Broth (MKTTn) ve izolasyon için selektif besiyeri olan , Xylose Lysine Deoxycholate (XLD) ve Xylose Lysine Tergitol 4 (XLT4) agar kullanıldı. Salmonella şüpheli bulunan kolonilerinin identifikasyonu, biyokimyasal ve serolojik yöntemlerle gerçekleştirildi. Çalışmada incelenen 878 materyalde (altlık, toz, sekal svap, kloakal svap, bağırsak içeriği ve yem) %14,8 Salmonella spp. izole ve identifiye edildi. Salmonella suşlarının 90,76'i S. Infantis, %2,3'u S. Agona, %1,53'ü S. Kentucky, S. Hadar ve S. Tenesee, %0,76'ı S. Mbandaka, S. Montevideo, S. Enteritidis, S. Adelaide, S. Liverpool ve S.Derby bulundu. Çalışmadaki tüm materyallere direkt, TPS, MRSV, MKTTn, XLD ve XLT 4 aşamalarında inkübasyonun 6., 12., 18. ve 24. saatlerinde örnekleme yapılarak invA, fljB , fliC konvansiyonel IMP1-IMP2-IMP3 primerleriyle multipleks PCR yapıldı. invA geninin varlığı %100 olarak tespit edilirken; tekli PCR ve m-PCR primerlerinin sonuçlarında S.Infantis'e ait spesifik bant elde edilemedi. ISO prosedürünün izolasyon aşamasını takiben oluşan şüpheli kolonilere yeni dizayn primeri CyrF/R ile PCR yapıldı. S. Infantis suşlarının tamamı (%100) geliştirilen PCR ile doğru olarak saptandı S.Infantis'in moleküler tanısı için geliştirilen PCR tekniğinin altın standart yöntem olan ISO 6579 prosedürü ile karşılaştırılmalı değerlendirmesi sonucunda hızlı, tekrarlanabilir, ekonomik bir alternatif olabileceği düşünülmektedir. Anahtar Kelimeler: Broyler, ISO 6579, PCR, Salmonella Infantis