Türkiye'deki tavuk orijinli salmonella enteritidis suşlarının mlva ve PFGE ile genotiplendirilmesi ve antimikrobiyal direncin saptanması
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2022
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: SEYYİDE SARIÇAM İNCE
Danışman: Hamit Kaan Müştak
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Salmonellozis enfeksiyonu, nontypfoidal Salmonella serovarlarının neden olduğu zoonoz bir enfeksiyondur. Dünya çapında yaygın, gıda kaynaklı zoonoz enfeksiyonların başında gelmektedir. Kontamine gıda ve içme suyu ile gıda zincirine bulaşmanın olması, halk sağlığında ciddi riskler oluşturmaktadır. İnsanlarda yıllık ortalama 94 milyon gastroenterit vakası ile 155,000 ölüm meydana gelmektedir. EFSA 2019 yılı zoonotik etkenler raporuna göre, insanlarda en yaygın gözlenen Salmonella serovarı, Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis'dir (%50,3). Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis (S. Enteritidis) için major bulaşma yolunun kontamine yumurta ve kanatlı eti tüketimi olduğu bilinmektedir. Bu nedenle, kanatlı orijinli S. Enteritidis suşlarının çeşitlilik ve epidemiyolojilerinin belirlenmesi salmonellozis enfeksiyonunun izlenmesi ve kontrol altına alınması için oldukça önemlidir. Günümüzde salmonellozis salgın epidemiyolojisinin belirlenmesi amacıyla sıklıkla genotiplendirme yöntemleri kullanılmaktadır. Bu yöntemlerden biri Multiple Locus Variable Number of Tandem Repeats Analysis (MLVA)'dır. MLVA, Salmonella etkenlerinin moleküler epidemiyolojisinin saptanmasında kullanılan altın standart Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE) ile kıyaslanabilir düzeyde yüksek ayırım gücüne sahip bir genotiplendirme yöntemidir. Bu çalışmada, Türkiye'deki farklı illerde yer alan tavuk kümeslerinden izole edilmiş 200 adet S. Enteritidis suşunun MLVA ile PFGE genotiplendirildi ve AMR (antimicrobial resistance) profilleri belirlendi. AMR testi sonucunda %21 oranda MDR (multi-drug resistant) S. Enteritidis tespit edildi. Ülkemizde ilk kez bu çalışma ile tavuk orijinli S. Enteritidis suşları için MLVA ile genotiplendirme gerçekleştirildi. PFGE ile 32 PFGE genotipi (PT), MLVA ile 34 MLVA genotipi (MT) saptandı. Baskın genotiplerin PT6 ve MT22 olduğu belirlendi. İki yöntemin de belirli örnek gruplarında izolatların kümes yetiştirme tipi, izolasyon yılı ve coğrafik lokasyona göre ayırımına olanak sağladığı anlaşıldı. PFGE'e kıyasla MLVA yönteminin kolay ve kısa sürede tamamlanabilen bir genotiplendirme yöntemi olduğu belirlendi. Ayrıca MLVA'nın geniş örnek gruplarında kullanılabilir bir yöntem olduğu tespit edildi.