Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2009
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: Duygu AKKAYA
Danışman: ÖZLEM OSMANAĞAOĞLU
Özet:Laktik asit bakterilerinin (LAB) gıda endüstrisinde starter kültür olarak kullanılmaları, bakteriyosin üretim özelliklerinden dolayı gıdalarda raf ömrünü uzatmak için potansiyel biyolojik koruyucu rolüne sahip olmaları, probiyotik ürünlerin içeriğinde bulunmaları ve bazı LAB’ların gıdalarda bozulmaya sebep olmaları bu bakteri grubunu hem endüstriyel açıdan hem de bilimsel arenada üzerinde yoğun çalışmaların yapıldığı oldukça önemli bir grup haline getirmiştir. LAB’ların endüstriyel uygulamaları düşünüldüğünde, suş bazında güvenilir tiplendirme yöntemleri hem LAB starter kültürlerin performanslarının incelenmesinde hem de fonksiyonel gıda ürünlerinde katkı maddesi olarak kullanılacak olan kültürlerin incelenmesinde önem kazanmaktadır. Laboratuvarımızdaki kültür koleksiyonunda mevcut bulunan Laktik Asit Bakterilerine ait 86 suşun tanımlanması daha önceki çalışmalarda fenotipik testlerin kullanımı ile yapılmıştır. Çalışmamızda LAB grubuna ait bu 86 adet suşun tür/tür içi ayrımında RAPD tekniğinin taksonomik potansiyelinin belirlenmesi hedeflenmiştir. Bu amaçla mikroorganizmalardan genomik DNA izolasyonu için PROMEGA Wizard Genomic DNA izolasyon kiti kullanılmış ve elde edilen DNA çalışmanın daha sonraki aşamalarında kalıp DNA görevi görmüştür. RAPD (rastgele çoğaltılmış polimorfik DNA) çalışmaları için genomik DNA üzerinde farklı bölgelere bağlanabilen 10 nükleotit uzunluğunda kısa oligonükleotit primerler kullanılmış ve neticede % 1.6’ lık agaroz jel üzerinde farklı uzunluklara sahip PCR ürünlerinin oluşturduğu bant paternleri gözlemlenmiştir. Bu bant paternlerine ait görüntü daha ileriki analizlerde kullanılmak üzere GelCompar II, Version 4.1 (AppliedMath) bilgisayar yazılım programına aktarılmıştır. RAPD bantları arasındaki benzerlik “Pearson product moment correlation coefficient” değeri (r) ile ifade edilip % değerine dönüştürüldükten sonra UPGMA (unweighted pair group method using arithmetic averages) analizi ile kümeleme (clustering) işlemi yapılmış ve neticede türler/suşlar arasındaki genetik benzerlik dendogram olarak gösterilmiştir. Kümeleri birbirinden ayırt etmek için korelasyon katsayısı tarafımızdan % 66 olarak belirlenmiştir. Çalışmanın sonucu aynı tür/suşa ait ve birbirleri ile oldukça yakın ilişkide bulunan LAB suşlarının ayrımında RAPD tekniğinin ayrım ve kullanım gücünü vurgulamaktadır.