Gen Bankası Materyalinde Dondurma Ve Saklama Koşullarının DNA Temelli Değerlendirilmesi Ve Yeni Materyal Eklenmesi

---

Tezin Türü: Doktora

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Zootekni ve Hayvan Besleme Bölümü, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2025

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: AYLİN DEMİRAY

Danışman: Bengi Çınar

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Bu çalışmada Yerli Gen Kaynaklarımızı korumak amacıyla başlatılmış TÜRK-HAYGEN projesinin devamlılığını sağlamak hedeflenmiştir. TÜRK-HAYGEN projesi tamamlandıktan sonra Gen Bankası, Uluslararası Hayvancılık Araştırma ve Eğitim Merkezi Müdürlüğü'nde 2012 yılında kurulmuş ve doğal afetlere tedbir olarak TUBİTAK MAM yerleşkesinde duplikasyonu oluşturulmuştur. Gen bankasında 10 yılı aşkın süredir donuk bekleyen materyalin canlılık kontrolleri 2020 Kasım ayından itibaren rutin olarak devam etmekte ancak TÜRK-HAYGEN projesinin başladığı hedeflerden biri olan 'yerli gen kaynaklarımızın korunması ve gerekli görüldüğü durumlarda gen bankasındaki materyal ile hayvan üretilmesi' hedefine yönelik çalışmalar henüz bulunmamaktadır. Bu proje ile gen bankasındaki materyalin canlılık kontrollerine ek olarak laboratuvar koşullarında üretilmesi hedefiyle materyalin dondurma ve saklama koşullarının DNA üzerinde etkilerine yönelik çalışmalar yaparak olumsuz bir durum tespit edilirse iyileştirme planlaması hedeflenmektedir. Bu amaca yönelik Gen Bankasında bulunan sığırlara ait total DNA izolatı (n=60) ve Mezanşimal (Kıkırdak Fibroblast) hücre örnekleri (n=60) kullanılacaktır. Örneklerin seçiminde genetik faktörlerin ve ilgili laboratuvara bağlı faktörlerin eliminasyonu için Yerli Kara, Boz Irk, Doğu Anadolu Kırmızısı(DAK), Güney Anadolu Kırmızısı(GAK), Güney Sarısı ve Zavot sığır ırklarında eşit oranda(10'ar adet) hayvan seçilmesi çalışmada kontrol grubu amacıyla, yine aynı ırk sığırlardan yukarıda belirtilen örneklem gruplarına paralel olarak sahadan da taze örnekler toplanacaktır. Dondurulup saklanmış ve taze hazırlanmış örnek grupları arasında DNA hasarı yönünden farklılık olup olmadığı total DNA düzeyinde, altın standart olan Comet Assay ile araştırılacaktır. Dondurularak saklanan hücre örneklerinin comet assay analizi ve DNA tamirinden sorumlu APE1 geni ifade farklılığı açısından DNA hasarı yönünden araştırılması ve Türkiye'de yapılacak Gen bankası materyaline ait ilk DNA hasarına yönelik yapılan çalışma olacaktır. Ayrıca sahadan toplanan örnekler Gen Bankasına yeni materyal olarak eklenecek olup, Gen Bankasından kullanılan DNA örnekleri kullanıldıktan sonrasında ve hücre örnekleri ise pasajlanıp çoğaltıldıktan sonra tekrar dondurularak saklanmaya devam edilecektir. Elde edilen materyal ve Gen Bankasından donmuş olarak çalışılacak örnekler uygun protokollerle çözdürülüp çalışılacaktır. Çalışmanın sonunda elde edilen verilerle dondurma ya da saklama koşullarının iyileştirilmesine yönelik alternatif seçenekler önerilebilecektir. Elde edilen DNA örneklerinden TURK-HAYGEN kapsamında çalışılan mikrosatellit lokusları için PCR kurulup fragment analizi ile lokus uzunlukları moleküler karakterizasyon analizleri için hesaplanacaktır.