Lactarius Cinsi Üyelerinin Konaklık Ettiği Mikovirüslerin Tanımlanması ve Moleküler Olarak Nitelendirilmesi
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyoloji Bölümü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2026
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: Aigul KALIYEVA
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Ilgaz Akata
Eş Danışman: Ergin Şahin
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:
Bu
çalışmanın amacı, Türkiye’de
yayılış gösteren Lactarius cinsi üyelerini enfekte eden mikovirüslerinin
tanımlanması ve tüm genom dizilerinin yeni nesil dizileme ile ortaya koyularak
tüm genom verisi üzerinden moleküler nitelemeleri ve filogenetik analizlerinin
yapılmasıdır. Moleküler ve konvansiyonel tür teşhisi yapılan örneklere
Viral Çift İplikçikli RNA (dsRNA) taraması yapılmıştır. Arazi
çalışmaları sonucunda elde edilen Lactarius cinsi üyeleri’nin
geleneksel ve moleküler yöntemler kullanılarak teşhisleri yapılmıştır.
Lactarius örneklerinden genomik DNA izolasyonu CTAB yöntemiyle gerçekleştirilmiştir.
Ribozomal RNA gen bölgeleri PCR ile çoğaltılmıştır. Amplikonlar, BLASTn
analizleri kullanılarak incelenmiş ve filogenetik ağaçlar oluşturulmuştur.
dsRNA ekstraksiyonu gerçekleştirilmiş ve S1 nükleaz kullanılarak dsRNA'lar
muamele edilip analiz edilmiştir. dsRNA'lar rPCR ile çoğaltılmış,
saflaştırılmış ve yeni nesil dizileme ile analiz edilmiştir. Terminal
bölgelerin çoğaltılması için RACE PCR ve Sanger dideoksi yöntemi
kullanılmıştır. Elde edilen viral genom dizileri biyoinformatik ve filogenetik
olarak analiz edilmiştir. Bu çalışmada, Lactarius cinsi üyelerini enfekte eden bir mikovirüs tanımlanmıştır.
"
Lactarius mediterraneensis partitivirüs 1 (LmPV1)" olarak
adlandırılan partitivirüsün tam genomu elde edilmiştir.