KRONİK VE AGRESİF PERİODONTİTİS HASTALARINA AİT DOKU ÖRNEKLERİNİN TRANSKRİPTOMLARININ KARŞILAŞTIRMASI
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, PERİODONTOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2023
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: CANAN BOZ ÖZÜVAR
Danışman: Gülden Ereş
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Kronik ve Agresif Periodontitis Hastalarına Ait Doku Örneklerinin Transkriptomlarının Karşılaştırması Periodontal hastalıktaki yıkım, duyarlı bir konağın immün tepkisini tetikleyen bir bakteriyel tehdit ile başlar. Genetik faktörler, periodontitis duyarlılığını belirlemek için bireylerin biyofilm dahil olmak üzere birçok çevresel ajanla nasıl etkileşime girdiğini modüle eder. 2017 periodontal hastalık sınıflamasına göre "periodontitis" başlığı altında birleştirilen agresif ve kronik periodontitisin doku cevabında farklılıklar olabileceği, klinik olarak iyileşme gözlense dahi genetik altyapısı nedeniyle gen ekspresyonlarında farklılıklar olabileceği hipotezinden hareketle çalışmamızın amacı; agresif ve kronik periodontitis hastalarında, hastalığın aktif döneminde ve klinik olarak iyileşmenin gözlendiği dönemde elde edilen doku örneklerinin transkiptomlarının karşılaştırılarak gen ekpresyonu seviyesinde bu iki hastalık arasındaki benzerlik ve farklılıkların ortaya çıkarılmasıdır. GEO veri tabanındaki periodontitis tanısı konmuş, dişeti dokusunda çalışmış mikrodizi veri setleri arasında "Periodontitis", "Homo sapiens", "gingival tissue" anahtar kelimeleri kullanılarak, "diziye göre ifade profili oluşturma" çalışma türü seçilerek çıkan sonuçlar arasından dişeti dokusunda çalışmış veri setleri bulundu. Dahil edilme kriterlerine uyan dört veri setinde, GSE79705, GSE10334, GSE16134 ve GSE23586, GEO2R'da örnek gruplarının ikili karşılaştırmaları yapıldı. Tanımlanan DEG'ler içindeki keşisen ve ortak olmayan genleri belirlemek için Venn şeması kullanıldı. Diferansiyel gen ekspresyonu (kat değiştirme), gen ontolojisi (GO; biyolojik süreç), yolak zenginleştirme ve protein-protein etkileşim ağı analizleri yapıldı. Agresif periodontitis geçmişi olan sağlıklı dokularda mitokondriyel aktivite, oksidatif fosforilasyon, ROS üretimi ile ilişkili genlerin (NDUFA1, NDUFA11, NDUFA12, NDUFA13, NDUFA2, NDUFA3, NDUFA7, COX7A2, COA6, ROMO1) ifadelerinde artış gözlendi. Bunun yanında aktif hastalık dönemiyle ortak olarak; antijen işleme ve sunumu, osteoklast farklılaşması, apopitoz, NK aracılı sitotoksisite ile ilişkili genlerin (IL-6, TLR2, IFNAR1, TNFSF11, LY96, CD40, FCGR2A) ifadesinde artış izlenirken epitelyal farklılaşma, epitel gelişimi, hücre-hücre sinyalizasyonuna dair ifadede azalma görüldü. Kronik periodontitis geçmişi olan sağlıklı dokularda ise inflamtuar süreçlere dair artmış bir yanıta rastlanılmamışken, antijen işlenmesi ve sunumu, lökosit aracılı sitotoksisitenin düzenlenmesi ve sistemsel süreçlere dair yolakların ifadesinde azalma görüldü. Agresif periodontitis geçmişi olan sağlıklı dokularda aktif hastalık dönemi ile benzer olarak inflamatuar yanıt ile ilişkili genlerin ifadesinde gözlenen artış, klinik olarak sağlıklı olsa da doku cevabı açısından bu dokuların artık sağlıklı olarak kabul edilemeyeceğini ortaya koymuştur. Anahtar kelimeler: agresif periodontitis, karşılaştırmalı transkriptom analizi, kronik periodontitis