Kronik hepatit deltalı hastaların interferon tedavisi süresince, yeni nesil dizileme teknolojisiyle viral genom çeşitliliği ve tedavi yanıtının araştırılması
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Biyoteknoloji Enstitüsü, Biyoteknoloji Anabilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2020
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: AYŞE NUR MİDİLLİ
Danışman: ABDURRAHMAN MİTHAT BOZDAYI
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Hepatit Delta virüsü (HDV), sağlıklı karaciğer hücrelerinde (hepatosit) enfeksiyona neden olur. Kronik HDV enfeksiyonunun tedavi olanağı sınırlıdır ve çoğunlukla ilerleyen siroz ve artan mortalite oranlarıyla karakterizedir. Bu enfeksiyonun birincil tedavi seçeneği olarak en az 1 sene süreyle uygulanan "peg-interferon" kullanılmaktadır. Tedaviye devam edilip edilmeyeceğine ise tedavinin 6.ayında HDV RNA değerlendirilmesi ile karar verilmektedir. Çalışmamızda HDV ile enfekte hastaların interferon tedavilerinin 0., 24., 48., 96, ve 200. haftalarında alınan farklı serum örneklerinden elde edilen Hepatit Delta virüs havuzundaki viral varyantların yüksek duyarlılıkla tespit edilmesi ve tedavi yanıtının tedaviye yanıt veren, nüks eden ve tedaviye yanıt vermeyen hastalar arası incelenmesi amaçlanmıştır. Ortaya çıkan varyasyon profilleri ile hastalardaki klinik seyirin karşılaştırılması ile varyasyonlarla hastalık arasında ilişkiyi araştırmak çalışmanın amacıdır. Tedavi öncesi, sırası ve/veya sonrasındaki viral varyasyon profillerinin belirlenmesi, ve viral tedavi altındaki evrimsel sürecin araştırılması amaçlanmıştır. Yeni nesil dizileme platformları, klonal amplifikasyon ile derin dizileme yaparak minör allelleri bile kaçırmadığı için virüs bazlı çalışmalarda önemlidir. Bu sebeple çalışmamızda "Illumina, Miseq" yeni nesil dizileme platformu kullanılmıştır. Çalışma süresince toplam 13 hastanın farklı tarihlerdeki 40 adet serum örneğinde dizileme yapılmıştır. HDV viral genomu her serum numunesinde 5 farklı amplifikasyonla tüm genom olarak çoğaltılmış, toplamda 200 farklı amplifikasyon yapılmıştır. Tedaviye yanıt verenler ile yanıt vermeyen veya nüks eden hastalardaki varyasyonlar karşılaştırıldığında; 266, 268, 319, 927 ve 928 nolu nükleotitlerde belirgin farklılıklar gözlenmiştir. 927. ve 928. nükleotitlerin S-HDAg ve L-HDAg üzerinde bulunmasından ötürü kodlanan amino asitlerde de tedaviye yanıt veren hastalar, nüks eden ve yanıt vermeyen ile karşılaştırıldığında belirgin farklılıklar bulunmaktadır. Tedaviye yanıt verenler ile nüks edenler tek başına karşılaştırıldığında ise bu nükleotidlere ek olarak 269, 749. nükleotidde anlamlı farklılıklar gözlenmiştir. Dolayısıyla bu nükleotitler tedavi seyrini anlamak için önemli olabilir. Ayrıca her 3 grup karşılaştırıldığında viral genomun 426-429 numaralı bazlarını içeren hiper değişken bölge üzerinde bulunup, otokatalitik kırılma bölgesinin hemen başlangıcında bulunan bölgede 3 farklı hasta grubunda farklı paternler gözlenmiştir.