P. vulgaris'te ABİYOTİK STRES TOLERANSI İÇİN GENOM ÇAPINDA YAKLAŞIMLAR: GATA GENİNE ÖZGÜ BİYOİNFORMATİK ANALİZLER VE EVRİMSEL SÜREÇLER

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, BİYOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2023

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: ZEHRA ŞAFAK

Danışman: İlker Büyük

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Transkripsiyon faktörleri (TF), hedef gen üzerindeki promotör bölgeler içerisinde yer alan spesifik dizileri tanıyarak DNA'ya bağlanabilen proteinlerdir. TF'ler, bitki gelişiminde, sirkadiyen ritimde, protein etkileşimlerinde ve farklı bitki türlerinin çeşitli hastalıklara karşı direnç kazanmasında etkin bir role sahiptir. GATA transkripsiyon faktörü, bitkide hemen hemen bütün dokularda bulunan, organ oluşumu ve morfogenezi, çimlenme, klorofil pigmentinin sentezi ve çevresel stres faktörlerine karşı tepkileri düzenleyen bir protein grubudur. GATA transkripsiyon faktörü, yüksek oranda korunmuş tip IV çinko parmak yapısına sahiptir. Bu tez çalışmasında, fasulye bitkisinde bulunan 32 adet GATA gen ailesi üyesi tespit edilmiştir. Belirlenen PvGATA genlerinin ekzon-intron yapısı, kromozomlar üzerindeki dağılımı, korunmuş motif yapısı, filogenetik ilişkisi, tandem ve segmental gen duplikasyonları, seçilen 2 farklı tür ile fasulye bitkisi arasındaki sintenik ilişki, cis-element analizi, üç boyutlu protein homoloji analizi ve miRNA analizleri gerçekleştirilmiştir. Stresle ilgili cis-elementleri barındıran ve RNA-seq verileri analizlerine göre seçilen genlerin qPCR analizi ile ekspresyon seviyelerine bakılmıştır. Tüm analizler sonucu elde edilen verilere göre PvGATA genlerinin yapısı, görevi, korunmuş bölgeleri, abiyotik stres altında geliştirdiği yanıtlar açıklanmaya çalışılmış olup gen duplikasyonları ve filogenetik analiz sonuçlarıyla birlikte fasulyede bulunan GATA genlerinin evrimsel süreci hakkında bilgi edinilmiştir. Tez çalışmasında elde edilen verilerin ileride gerçekleştirilecek çalışmalara yardımcı olabileceği düşünülmektedir.