Ayçiçeği (Helianthus annuus L.) bitkisinde büyüme düzenleyici faktör (GRF) transkripsiyon faktörü gen ailesinin genom boyutunda in silico tanımlanması ve karakterizasyonu


Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2018

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: TÜRKAN BENGÜ TAŞDAN

Danışman: EMİNE SÜMER ARAS

Özet:

GRF proteinleri (Growth-Regulating Factors-Büyüme Düzenleyici Faktör) ilk olarak pirinç bitkisinde keşfedilmiş ve daha sonra farklı bitki türlerinde belirlenmiştir. Ayçiçeği bitkisinde genom seviyesinde farklı gen aileleri belirlenmiş olsa da, GRF genlerinin belirlenmesine yönelik daha önce böyle bir çalışma bilgimiz dahilinde yapılmamıştır. Bu çalışmada ayçiçeği genomundaki GRF genleri belirlenerek her biri isimlendirmiş ve ayçiçeği kromozomlarına yerleştirilmiştir. Belirlenen GRF’lerin karakterizasyonu yapılmıştır. Ayrıca motif taraması yapılarak her bir protein dizisinde yer alan motifler belirlenmiş ve filogenetik analizler gerçekleştirilmiştir. HeaGRF’lerin hangi biyolojik süreçlerde yer aldığı, hücredeki lokalizasyonları ve moleküler fonksiyonları, gen ontoloji analizi yapılarak belirlenmiştir. Yapılan tez çalışmasıyla transkripsiyon faktörlerinin tanımlanmasının ve karakterizasyonunun, Helianthus annuus L. bitkisindeki moleküler biyolojik mekanizmaların aydınlatılması ve ıslah çalışmalarına katkıda bulunması beklenmektedir. GRF (Growth-Regulating Factor) proteins were first discovered in rice and then identified in different plant species. Although different GRF gene families have been identified in different plant species at genome level, no studies were reported for sunflower plant to date, to our knowledge. In this study, the GRF genes that take role in the sunflower genome were determined, named and placed on the sunflower chromosomes. The determined GRFs were characterized, the motifs in each protein sequence were identified and phylogenetic analyzes were performed. The biological processes of HeaGRFs were described by analyzing their localizations and molecular function in the cell by gene ontology analysis. The results of the thesis study provide information about GRF proteins in sunflower plant by genome-wide analysis. Identification and characterization of these transcription factors are expected to contribute the future studies about illuminating the molecular mechanisms for improvement of Helianthus annuus L.