Sporadik kolorektal kanser vakalarında genom ebadında tek nükleotit polimorfizm profilinin belirlenmesi ile yeni genetik yatkınlık genlerinin ve kanserin gelişmesinde etken olan genlerin belirlenmesi
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Biyoteknoloji Enstitüsü, Biyoteknoloji Anabilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2011
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: DİLAY ÇIĞLIDAĞ DÜNGÜL
Danışman: HİLAL ÖZDAĞ SEVGİLİ
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Kolorektal karsinomalar, Batı'da, akciğer ve meme karsinomalarından sonra en sık ölüme neden olan malignite grubunu oluşturmakta ve insidansı birçok ülkede artış göstermektedir. Kolorektal kanserde beş yıllık yaşam şansı yaklaşık %40 kadardır. Olguların büyük kısmının (%85-90) sporadik olduğu, % 10-15'lik küçük bir grubun ise herediter sendromlar kapsamında geliştiği bilinmektedir.Kanser hastalığının yaklaşık olarak %10-15'i ailesel özellik gösterirken kalan %85-90'ı sporadik olarak ortaya çıkmaktadır. Ailesel kanserlerin ortaya çıkışına neden olan genlerin birçoğu bağlantı analizleri ile saptanmıştır. Ancak kanser vakalarının büyük bir çoğunluğunu oluşturan sporadik kanserin görüldüğü bireylerde, genetik yatkınlığa neden olan gen bölgelerinin saptanmasında diğer kompleks, multifaktöryel hastalıklarda olduğu üzere asosiyasyon çalışmaları yürütülmektedir. Asosiyasyon çalışmalarının önündeki en büyük sıkıntılardan biri olan popülasyon stratifikasyonu ise aile bazlı çalışma tasarımları ile çözümlenmektedir.Aile temelli genom boyu asosiyasyon çalışması analizi için en az 200 trionun gerekliliğini vurgulayan TDT yaklaşımının aksine 200'den daha az sayıda trio ile aile temelli genom boyu asosiyasyon çalışması analizlerinin yapılabileceği ekibimiz tarafından daha önce geliştirilen SPRT analizi ile gösterilmiştir. Bu tez kapsamında elde edilen 51 trio dan oluşan veri SPRT yaklaşımı ile analiz edilmiştir.Tez çalışması kapsamında sporadik kolorektal kanser vakaları ve herbir vakanın anne ve babasının periferal kanlarından elde edilen DNA örnekleri ile genom boyu asosiyasyon çalışması yürütülmüştür. Çalışma sonunda toplanmış olan 51 trio ve 33 duo elde edilen bilginin analizi sonucunda kolorektal kanser ile asosiyasyon gösteren aday genetik yatkınlık gen bölgeleri saptanmıştır. Bu bölgeler SPRT ile tespit edilen 1p36.12, 3p22.3, 5q11.2, 11q22.1, 20p12.1 ve C-TDT ile tespit edilen 2p16.3, 2p22.3, 2q14.1, 2q22.1-2q22.2, 3p26.1, 4q28.3, 4q34.3, 5p15.2, 5q34, 6q16.3, 8q24.3, 9p21.3, 11q14.1, 11q22.1, 14q12, 14q31.3, 14q32.2 kromozom bölgeleridir.Ayrıca yapılan kopya sayısı değişiklikleri (Copy Number Variation, CNV) analizi ile 4q13.2, 9p12, 15q11.1-15q11.2 kromozom lokuslarında çeşitli baz çifti uzunluklarındaki bölgelerde delesyonlar ve 2q11.1, 17q21.31, 19p13.2, Xq21.2, Xq28, Xp11.23 lokuslarında ise yine farklı uzunluklardaki bölgelerde amplifikasyonlar saptanmıştır.Anahtar Kelimeler: Aile temelli genom boyu asosiyasyon çalışması, C-TDT, SPRT, kolorektal kanser