Etçi sığır ırklarında kalpastatin (Cast) genindeki polimorfizmlerin yeni nesil dizi analizi ile belirlenmesi

---

Tezin Türü: Doktora

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, GIDA MÜHENDİSLİĞİ ANABİLİM DALI, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2020

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: ESİN BALTACI

Danışman: KEZBAN CANDOĞAN

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Çalışmada, Türkiye'de kesimi yaygın olan etçi sığır özellikleriyle Brangus ve Simmental ırklarına ait et örneklerinde, çok sayıda gen ya da gen bölgesini ve büyük DNA dizilerini aynı anda tarayabilen Yeni Nesil Dizileme (NGS) teknolojisi kullanılarak kalpastatin (CAST) geninin tüm gen dizi analiz yapılmıştır. Ayrıca, CAST genine ait belirlenen polimorfizmlerin duyusal özellikler (sertlik, sululuk, lezzet yoğunluğu) ve enstrümental sertlik arasındaki ilişki düzeyi değerlendirilmiştir.Çalışılan 52'şer Brangus ve Simmental ırkından toplam 104 hayvanda 13 varyasyon saptanmıştır. Bu 13 varyasyondan 5'i sadece Brangus'ta, 3'ü sadece Simmental'de, diğer 5 tanesi her iki ırkta da bulunmuştur. Sadece 2 Brangus'ta bulunan EKZON 8c.439C>G/p.L147LV ve 14 Simmental'de saptanan INTRON 18c.1335+6G>A önceden rapor edilmemiş olduğundan bu iki varyasyonun olası yeni varyantlar olarak literatüre kazandırılması mümkün olacaktır. Duyusal analizde, Simmental ırkına ait örneklerin Brangus örneklerine göre önemli ölçüde daha gevrek olduğu (p C/p.S662T varyasyonunun, enstrümental ve duyusal gevrekliği iyileştirici etki gösterdiği saptanmıştır (p<0.05). Bu çalışmadan elde edilen bulgular, CAST geninde bugüne kadar belirlenmiş olan polimorfizmlerin dağılımları yanında, yeni polimorfizmlerin literatüre kazandırılması ve bu polimorfizmlerin et gevrekliği üzerinde öne sürülen etkisinin ortaya konulması açısından katkı sağlayacak, böylece etçi sığır yetiştiriciliğinde ırk ıslahı ve ırk tercihine rehber olacaktır.