Karaciğer fibrozisinin evrelendirilmesinde proteomiks analizi ile yeni biyomarkerların araştırılması
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Biyoteknoloji Enstitüsü, Biyoteknoloji Anabilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2009
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: SENEM CEREN ÖZEN KARATAYLI
Danışman: ABDURRAHMAN MİTHAT BOZDAYI
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Hepatik fibroz, sindirim sistemi hastalıkları arasında ölümün en sık görülen nedenidir ve sirozun gelişimi ile birlikte ilerleyen, farklı etiyolojilerdeki birçok kronik karaciğer hastalıklarının bir özelliğidir. Kronik karaciğer hastalığı olan olgularda karaciğer dokusundaki fibrozis varlığının ve miktarının değerlendirilmesi; tedavi stratejisini, tedaviye yanıtı ve prognozu belirleyen en önemli etkendir. Bu çalışmanın amacı karaciğer fibrozisinin evrelendirilmesinde proteomik analiz ile yeni biyolojik belirteçlerin araştırılmasıdır.Toplam 30 kronik HBV ve 57 kronik HCV infeksiyonu kanıtlanmış toplam 87 hasta serumu ve 32 sağlıklı kontrol analiz edilmiştir. Hastalardan alınan karaciğer biyopsi örnekleri METAVIR skorlama sistemine uygun olarak evrelendirildi. Buna göre, 24 hasta F0, 22 hasta F1, 10 hasta F2, 8 hasta F3 ve 23 hasta F4 olarak evrelendirilmiştir. Serum proteinleri IMAC30 (bakır) ve CM10 ProteinÇip dizinlerinde çalışılmış ve SELDI (?Surface-Enhanced Laser Desorption/Ionization?) ProteinÇip Sistem 4000 kütle spektrometrisinde (MS) analiz edilmiştir. Data analizinde ?Ciphergen Express software?, versiyon 3.0.1. ve ?Biomarker Patterns software? versiyon 5.0 (Ciphergen Biosystems) kullanılmıştır.Biomarker Patterns software, versiyon 5.0 (Ciphergen Biosystems) ile oluşturulan karar ağaçları ile çoklu belirteç panelleri hafif (F0,F1,F2) ve ileri evre fibrozisi (F3, F4) tanımlamıştır. F4 evresi ile karşılaştırıldığında diğer tüm fibrozis evreleri arasında ayırt edici protein pikleri bulunmuştur. Sağlıklı kontrol ile karşılaştırıldığında F0 ve F1 evreleri arasında ve F0 ile F1 arasında ayırt edici pik bulunamamıştır.Ülkemizde ilk defa SELDI-TOF MS ile yapılan bu çalışma bu teknolojinin karaciğer fibrozisinin evrelendirilmesinde uygulanabilir bir teknoloji olduğunu göstermiştir. Bu çalışmanın sonuçlarına göre hafif fibrozlu evreler için ayırt edici proteomik özellik bulunamamış ancak hafif ve ileri evre fibrozis grupları için ayırt edici özellikler bulunmuştur. Ayrıca siroz hastaları diğer fibrozis evreleri ve sağlıklı kontroller ile karşılaştırıldığında ayırt edici protein profili vermiştir.