Yeni türler oldukları öngörülen amilaz üreticisi termofilik Anoxybacillus izolatlarının fenotipik, kemotaksonomik ve moleküler taksonomik yaklaşımlar kullanılarak teşhisi
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Biyoteknoloji Enstitüsü, Biyoteknoloji Anabilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2017
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: EMİNE DEREBAY YILDIZ
Danışman: ARZU ÇÖLERİ CİHAN
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Anoxybacillus sp. E184aa ve E208a izolatlarının tür teşhisi çalışmaları neticesinde termofilik, Gram (+), fakültatif anaerobik, endosporlu, hareketli ve yüksek kantitatif amilolitik aktiviteye sahip basiller oldukları belirlenmiştir. 16S rRNA gen dizilerine dayalı filogenetik analizler, izolatların en çok birbirlerine (% 99.4) ve A. kamchatkensis subsp. asaccharedens, A. salavatliensis, A. kamchatkensis, A. ayderensis ve A. gonensis (% 97.9-98.7) referans suşlarına benzediklerini göstermiştir. E184aa (55°C, pH 7.5, % 1.0-1.5 NaCl) ve E208a (55°C, pH 7.0, % 0.5-1.0 NaCl) izolatlarının optimum üreme parametreleri belirlenmiştir. Hücre zarlarındaki temel melakinonun MK-7, yağ asitlerinin iso-C15:0 ve iso-C17:0 ve hücre duvarlarındaki tanılayıcı diamino asitin meso-Dpm olduğu belirlenmiştir. E184aa ve E208a izolatlarının genomik DNA G+C içerikleri sırasıyla 41.9 ile 42.2 % mol'dür. Morfolojik, fizyolojik ve kemotaksonomik testler, HaeIII-ARDRA, ITS-PCR, (GTG)5-PCR ve filogenetik analizler sonucunda en yakın akraba oldukları türlerle aralarındaki farklılıklar saptanmıştır. DNA-DNA hibridizasyon analizlerine göre, izolatlar birbirlerine ve yakın akraba oldukları A. gonensis, A. kamchatkensis, A. salavatliensis ve A. kamchatkensis subsp. asaccharedens türlerine % 70'den fazla DNA homolojisi göstermişlerdir. Tüm hibridizasyon analizleri neticesinde, izolatların ve bu referans türlerin tek bir türe ait bakteriler oldukları kesinlik kazanmıştır. Ayrıca, amilolitik aktivite gösteren Anoxybacillus cinsi 17 bakterinin, GH13 familyası enzimlerini kodlayan 15 α-amilaz ve 2 CGTaz genleri dizilenerek, annotasyon çalışmaları yapılmış ve GenBank veri tabanına kaydedilmiştir. Bu enzimlerin olası amino asit dizilerinin filogenetik ve in siliko analizleri de gerçekleştirilmiştir. Bu tez çalışması ile Anoxybacillus cinsinin taksonomik revizyonuna önemli katkılar sağlayacak veriler elde edilmiş, özellikle endüstriyel anlamda katma değeri olabilecek ve yeni araştırmalara kaynak oluşturabilecek Anoxybacillus cinsi termostabil α-amilaz ve CGTaz üreticisi suşlara ait gen kaynakları belirlenerek literatüre kazandırılmıştır.