Uyuz Gölü'nde çevresel DNA ile biyoçeşitlilik tespiti: Göçmen kuşlar modeli
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, SU ÜRÜNLERİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2020
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: AYŞEGÜL ER
Danışman: EMRE KESKİN
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Anadolu, kuşların iki önemli göç yolu üzerinde köprü oluşturmaktadır (Avrupa-Afrika ve Afrika-Asya). Bu önemli göç rotası ve her yıl artan kuş gözlem verileri sayesinde ülkemizde hemen hemen her yıl yeni kuş türleri gözlemlenmektedir. Her yıl popülasyonları küresel ölçekte azalan göçmen ve yerel kuş türlerini düzenli olarak tespit etmek ekolojik bir değerlendirme yapabilmek için çok önemlidir. Çevresel DNA metabarkodlama, canlı organizmaların çeşitli yollarla doğaya bıraktıkları genetik materyalleri canlıya temas sağlamadan, toprak, hava ve su gibi çevresel örnekler kullanılarak hedef türleri ve örneklenen habitatın biyoçeşitliliğini, referans veri tabanı ölçeğinde tür seviyesinde tespit etmeyi sağlayan bir yöntemdir. Bu tez ile, her yıl birçok göçmen kuşa kalıcı ve geçici yuva sağlayan koruma altındaki sulak alanlarımızdan biri olan Kulu Uyuz Gölü'nden kuş göçünün yoğunlaşmadığı Mart ve Ağustos aylarında aylık su örnekleri alınarak; kuşların yoğun göç aylarından biri olan Nisan ayı boyunca ise günlük su örnekleri alınarak göçmen kuşların tespit edilebilirliğinin dünyada ve Türkiye'de ilk kez eDNA metabarkodlama yöntemi ile ortaya koyulması amaçlanmıştır. Çalışmamızda elde edilen su örnekleri kapalı filtrasyon sistemi ile filtrelenerek, eDNA yöntemine spesifik olarak optimize edilen izolasyon protokolleri ile çevresel DNA ekstrakte edilmiştir. Aves sınıfına özgün olarak tasarlanan ve 12SrRNA geninin kısa bir bölgesini çoğaltan evrensel primerler ile PCR amplifikasyonları gerçekleştirilmiştir. Örneklerin adaptör ligasyon yöntemi ile kütüphaneleri hazırlanarak yeni nesil dizilemeleri gerçekleştirilmiştir. Elde edilen milyonlarca nükleotid dizisi, çeşitli biyoinformatik filtreleme aşamalarından geçirilerek yerel veri tabanı hazırlanmıştır. Son aşamada, çalışmaya özgün olarak geliştirdiğimiz biyoinformatik araçlar kullanılarak biyoçeşitlilik (yerel kuşlar ve göçmen kuşlar) tür seviyesinde tespit edilerek farklı yöntemler arasındaki tür verileri karşılaştırılmıştır.