Meme kanserinin oluşumunda ve gelişiminde rol oynayan transkripsiyon faktörü-miRNA-hedef gen devrelerinin araştırılması

---

Tezin Türü: Doktora

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Biyoteknoloji Enstitüsü, Biyoteknoloji Anabilim Dalı, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2018

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: YASEMİN ÖZTEMUR ISLAKOĞLU

Danışman: BALA GÜR DEDEOĞLU

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Çok sebepli, kompleks bir genetik hastalık olan meme kanseri moleküler düzeyde detaylı bir şekilde çalışılmakta ve meme kanserine sebep olan ve gelişiminde rol oynayan pek çok gen, miRNA vb. faktör tespit edilmektedir; ancak hastalığın regülasyonunda rol oynayan moleküler mekanizmalar henüz tam olarak açıklanamamıştır. Bu eksiklik, meme kanseri oluşumunu ve gelişimini öngörebilecek yeni belirteçlerin aranmasını ve düzenleyici ağların tespit edilmesini zorunlu kılmıştır. Biyolojik süreçlerin kontrolü için önemli bir mekanizma olan gen ifadesinin düzenlenmesinde miRNA'lar post-transkripsiyonel (transkripsiyon sonrası) düzeyde görev yaparken, transkripsiyonel düzeyde bu görevi transkripsiyon faktörleri (TF) üstlenmektedir. mRNA ve miRNA'ların transkripsiyonlarının TF'ler tarafından kontrol edildiği ve TF'lerin ifadelerinin de miRNA'lar tarafından düzenlendiği göz önüne alındığında birbirinden bağımsız şekilde düşünülemeyecek olan bu düzenleyici mekanizmaların karakterize edilmesi (ağlar ve devreler kurgulayarak) ve açığa çıkartılması, hücresel süreçlerin daha iyi anlaşılabilmesi için önem kazanmaktadır. Bu amaçla tez çalışmasında miRNA ve mRNA ifade verileri ve literatür tabanlı elde edilen bilgiler birlikte kullanarak TF (transkripsiyon faktörü)-miRNA-Hedef gen devrelerini (biological circuits) dinamik olarak (deneye özgü) ortaya çıkartabilecek bir algoritma tasarlanmış, zenginleştirme tabanlı (Enrichment-based) bir devre analizi sistemi oluşturulmuş ve meme kanseri oluşum ve gelişiminde rol oynayan devreler tespit edilmiştir.