Fitokimyasalların Kanser Kök Benzeri Hücrelerdeki Metabolik Reprogramlamaya Etkisinin Transkriptomik Olarak Araştırılması
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, KÖK HÜCRE VE YENİLEYİCİ TIP ANABİLİM DALI (DİSİPLİNLERARASI), Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2024
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: GÜLSÜM AYTEN
Danışman: Mehmet Altay Ünal
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:KRK karsinojenezinin heterojenik ve karmaşık doğasını en iyi açıklayan modellerden biri olan KKKH'ler KRK'in başlanması, ilerlemesi, metastazı ve tekrar ortaya çıkmasından sorumlu hücre alt popülasyonudur. KKKH'ler onları diğer hücrelerden ayıran kendini yenileme, farklılaşma; MDR hücre plastisitesi ve EMT gibi bilinen özelliklerinin yanı sıra metabolik olarak değişime uğrayabilme gibi özellikleri de bulunmaktadır. Metabolik olarak oluşan değişimde birçok metabolik enzim ve taşıyıcı protein etkilenmektedir. Etkilenen bu metabolik enzim ve hücre yüzey taşıyıcı proteinlerinin KRK dahil çeşitli kanser türlerinin KKH popülasyonlarında kök hücre özellikleri ve tümörogenez üzerine önemli etkileri bulunmaktadır. Kanser ve KKH'lerinde önemli etkileri fitokimyasallar kanser ve KKH metabolizmasını da modüle etmektedir ve hedef tedavi olarak günümüzde araştırılmaktadır. Bu bilgiler doğrultusunda bu tez çalışmasında genistein fitokimyasalının HT-29 KRK hücrelerinde CD44 olmak üzere diğer hücre yüzey belirteçleriyle hücre metabolizmasında rol oynayan enzim ve hücre taşıyıcılarının gen ekspresyonları arasındaki korelasyona bağlı olarak kolorektal kanser kök benzeri hücrelerinde metabolik hedef tedavi olarak kullanılma etkinliklerinin araştırılması amaçlanmıştır. HT-29 hücre hatlarının KKH popülasyonuna sahip olup olmadığı anlamak için karakterizasyon (flow sitometri ve tümör spheroid oluşum) deneyleri yapılmıştır. Genistein fitokimyasalının hücre hattındaki toksisitesi MTT testi ile belirlenmiştir. Belirlenen genistein konsantrasyonunun karakterizasyona etkisi için flow sitometri ve tümör spheroid oluşum deneyleriyle yapılmıştır. Genistein'in kanser benzeri popülasyondaki metabolik reprogramlamaya etkisini belirlemek için tedavi uygulanan ve uygulanmayan için hücre hatları RNA-seq analizine gönderilmiştir. Analiz sonuçlarına göre diferansiye olan KKH belirteçleri ve metabolik genlerin korelasyon analizleri yapılmıştır. HT-29 hücrelerinin yapılan karakterizasyon testleri sonucunda KKH popülasyonunu içerdiği gözlenmiştir. 24 saat 25 µM genistein tedavisinden sonra CD44 KKH belirtecinde protein düzeyinde anlamlı bir düşüş ve spheroid morfolojilerinde ise gözle görülür bir değişiklik, boyutlarında küçülme oluşmuştur. Yine 24 saat 25 µM genistein tedavisinden sonra yapılan RNA-seq analizlerine göre; CD44 KKH belirtecinin transkript düzeyinde anlamlı bir değişiklik görülmezken, CD26 ve SOX9 KKH belirteçlerinde, PFKFB-2, G6PD, GLS-2, MAT2A, ACAT-1, FASN ve ACAT-2 metabolik gemlerinde anlamlı bir azalış, gösterirken HK2, LDHA, TPI-1, SDHB, ALDH-7A1, DNMT1, GSS, GLUD1, SLC25A11 ve MAT2-B metabolik genlerinde anlamlı bir artış gözlenmiştir. Bu metabolik genlerin CD26 ve SOX9 KKH belirteçleriyle korelasyonu sonucu genistein tedavisiyle, PFKFB-2, G6PD, GLS2, MAT2A ve FASN genleri üzerinden kolorektal kanser kök benzeri hücrelerinde metabolik hedef tedavi olarak kullanılabileceği ve kanser kök benzeri hücrelerin metabolizmasını modüle edebileceği tahmin edilmektedir.