Akut miyeloid lösemide WNT sinyal yolağındaki genlerin DNA mikroarray analizi ile tanımlanması
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Biyoteknoloji Enstitüsü, Biyoteknoloji Anabilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2011
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: BUKET ALTINOK
Danışman: ASUMAN SUNGUROĞLU
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Akut Miyeloid Lösemi, erken hematopoetik kök hücrelerde bir dizi genetik değişiklik sonucunda normal hematopoetik büyüme ve farklılaşmanın bozularak, kemik iliği ve periferik kanda çok sayıda anormal olgunlaşmamış miyeloid hücrenin birikimi ile karakterize olan bir hastalıktır. Kendilerini yenileyebilme özelliğine sahip normal kök hücreler, sinyal ileti yolağına ait genlerdeki mutasyonlar, epigenetik ya da gen ifade düzeyindeki değişiklikler sonucunda neoplastik transformasyona uğrayabilmektedirler. Bu konuda özellikle embriyonel dönemde ve çeşitli kanser türlerinde aktif olan Wnt/ß-katenin yolağı, son yıllarda üzerinde durulan oldukça ilgi çekici bir konudur.Wnt yolağının anahtar elemanı olan beta katenin gen ifade seviyeleri ile ilgili olarak literatürde sıklıkla çalışmalar yapılmıştır. Birbiri ile uyumlu olarak yapılan bu çalışmalarda, AML hasta gruplarında beta katenin gen ifade oranları arasında ciddi farklılıklar tespit edilmiştir. Buradan yola çıkılarak bu tez çalışmasında öncelikle AML hastalarından elde edilen CD34+ hematopoetik kök hücrelerde, beta katenin gen ifade profillerinin qRT-PCR yöntemi ile tayin edilmesi amaçlanmıştır. Çalışmanın devamında, DNA mikroarray analizi ile önceden tespit edilmiş beta katenin gen ifade oranlarına göre gruplandırılan AML hasta örnekleri arasındaki genlerin karşılaştırılaştırılması planlanmıştır. Bu şekilde belirlenecek olan gen grubu ile sağlıklı kontrol grubundaki genler birleştirildiğinde AML hastalarında beta katenin ile ilişkili genlerin ortaya çıkarılması ve bu yolak hakkında detaylı bilgi oluşturulması hedeflenmiştir.Buna göre bu çalışmada 19 AML ve 3 sağlıklı bireyin izole edilmiş olan CD34+ hematopoetik kök hücrelerinde eş zamanlı PCR ile mRNA seviyesi tespiti, hasta örnekleri arasında beta katenin seviyelerinin değiştiğini göstermiştir. Bu sonuçlara göre incelenen örnekler beta katenini yüksek, düşük ve bu seviyede değişiklik tespit edilemeyen 3 gruba ayrılmıştır. Beta katenin gen ifade oranına göre 3 gruba ayrılmış olan AML örneklerinin transkriptom profilleri belirlenmiştir. Belirlenen bu transkriptom profillerinin farklı beta katenin seviyesine sahip olan AML vakalarını hem birbirinden hem de sağlıklı örneklerden net birer moleküler imza ile ayırdığı saptanmıştır. Böylelikle hücre döngüsü, kemokinler, adezyon molekülleri, hücre iskeletinin düzenlenmesi, gen ifade regülasyonu, kök hücre belirteci, migrasyon, metastaz, P53, Erb B, TGFB ve Slit-Robo yolakları beta katenin yüksek AML hasta örneklerinde ve kemokinler, adezyon molekülleri, gap junction, hücre iskeletinin düzenlenmesi, kök hücre belirteci, gen ifade regülasyonu, apoptoz, JAK-STAT, P53 ve TGFB yolakları beta katenin düşük AML hasta örneklerinde ön plana çıkmıştır.Sonuçta bu çalışma beta katenin seviyelerine bağlı olarak temel olarak ikiye ayrılan AML vakalarında transkriptom profilini ortaya koyan ilk çalışmadır. Çalışmamızda kanser oluşumunda önemli rol oynayan beta katenin ilişkili yolakların saptanması AML moleküler biyolojisine dair önemli veriler içermenin yanısıra yeni diagnostik, prognostik ve terapötik aday moleküller ortaya koyabilecektir.