Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Ziraat Fakültesi, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2023
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: ONUR ERGÖNÜL
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): İlknur Korkutal
Eş Danışman: Ali Ergül
Özet:
Bu çalışmada, üzümde erkencilikten sorumlu aday genlerin genom düzeyinde belirlenmesi
amacıyla transkripsiyonel çalışmalar yürütülmüştür. 3’ü erken 2’si geç olgunlaşan toplamda 5
çeşitte, 3 biyolojik tekrarlı olacak şekilde (toplamda 15 adet) RNA dizileme tekniği
kullanılmıştır. Dizileme sonucunda, örneklerden düşük hata oranları ve yüksek kalite skorlarına
sahip 27 milyon ile 34 milyon arasında temiz okumalar elde edilmiştir. Gen ifade analizlerinin
erkenci-geçci karşılaştırma gruplarında toplamda 25.736 gen tespit edilmiş, bunların 8271
tanesi farklı ifade edilen genler olarak tespit edilmiştir. Farklı ifade edilen genler arasında ise
4474’ü ifadesi artan, 3797’si ifadesi azalan olarak belirlenmiştir. VIT_05s0029g01480 ve
VIT_12s0034g00380 genleri erkenci-geçci karşılaştırma gruplarının tamamında ifadesi artan
genler arasında yer almışlardır. VIT_12s0034g00380 ve VIT_05s0029g01480 genlerinin,
sırasıyla patojenlere dayanımla ilgili proteinler (TMV resistance protein N-like) ile protein
kinaz bölgesi içeren proteinlerin (Protein kinase domain-containing protein) aktivasyonlarından
sorumlu oldukları belirlenmiştir. Çalışılan 15 örnek ile üzümün referans genomu arasında
toplamda 2.466.585 adet SNP tespit edilmiş, bunlardan erkencilikle ilişkili olduğu düşünülen 2
adet SNP 12. kromozomda belirlenmiştir. VIT_12s0034g00380 genindeki SNP’lerden C/T
nükleotid değişimi tüm erkenci çeşitlerde referans genoma göre değişim gösterirken, geçci
çeşitlerde referans genomla aynı kalmıştır. Dolayısıyla bu noktadaki genetik varyasyonun
üzümde erkenciliği tetiklediği düşünülmektedir. Son olarak, RNA dizileme verileri, rastgele
seçilen dört gende yürütülen gerçek zamanlı PCR çalışmaları ile doğrulanmıştır. Bu çalışmadan
elde edilen bulguların, erken olgunlaşma karakterini moleküler düzeyde tespitinde kullanılacak
markır geliştirilmesi çalışmalarına hizmet edeceği düşünülmektedir.