Salmonella infantis'in evrimsel yapısı ve antimikrobiyal direnç profilinin incelenmesi
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2025
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: GÜLTEKİN ÜNAL
Danışman: HAMİT KAAN MÜŞTAK
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Bu tez çalışması, Türkiye'deki Salmonella Infantis suşlarının genetik yapısını, antimikrobiyal direnç profillerini ve evrimsel dinamiklerini belirlemek amacıyla gerçekleştirilmiştir. 2020-2024 yılları arasında Türkiye'nin farklı bölgelerindeki kanatlı çiftliklerinden izole edilen S. Infantis suşları analiz edilmiştir. Fenotipik antibiyotik duyarlılık testleri, tüm genom dizileme (WGS) ve biyoinformatik yaklaşımlar kullanılarak suşların genetik varyasyonu, mobil genetik elementleri, direnç genleri ve filogenetik ilişkileri kapsamlı bir şekilde incelenmiştir. MLST analizleri, tüm suşların ST32 sekans tipine ait olduğunu ortaya koymuştur. SNP tabanlı filogenetik analizler, suşlar arasındaki genetik farklılıkların düşük seviyede olduğunu ve Türkiye'de tek bir klonal soyun baskın şekilde yayıldığını göstermiştir. Antibiyotik direnç analizleri, suşların büyük çoğunluğunun florokinolonlar (Siprofloksasin, Nalidiksik Asit), beta-laktamlar (Seftriakson, Sefotaksim), fenikoller (Kloramfenikol), tetrasiklinler (tetrasiklin) ve trimetoprim-sülfametaksazol gibi kritik öneme sahip antibiyotiklere karşı dirençli olduğunu göstermiştir. Biyoinformatik analizler, direnç genlerinin plazmidler aracılığıyla yatay gen transferi ile taşındığını ortaya koymuştur. Özellikle pESI benzeri megaplasmidin varlığı, çoklu ilaç direnci (MDR) ile doğrudan ilişkili bulunmuştur. Plazmid analizi, blaCTX-M, sul1, tetA, qnrB ve aadA gibi direnç genlerinin suşlar arasında yaygın olarak bulunduğunu ve bu genlerin mobil genetik elemanlar yoluyla aktarılma potansiyelinin yüksek olduğunu göstermiştir. Çekirdek genom çoklu lokus dizi tiplendirme (cgMLST) analizleri, örnekler arasındaki genetik farklılıkların minimum seviyede olduğunu ve genomlarının büyük oranda korunduğunu ortaya koymuştur. Filogenetik analizler, Türkiye'deki MDR S. Infantis suşlarının Avrupa ve Amerika'da bildirilen suşlarla yüksek genetik benzerlik gösterdiğini belirlemiş ve bu durum suşların küresel dolaşımı ve genetik değişimi açısından önemli bir veri sağlamıştır. Sonuç olarak, Türkiye'deki S. Infantis suşlarının genetik olarak homojen bir yapıya sahip olduğu ve MDR özelliklerinin giderek yaygınlaştığı belirlenmiştir. Çalışma, Türkiye'deki Veteriner ve Halk sağlığı otoritelerinin genomik gözetim sistemlerini güçlendirmesi gerektiğini ve antibiyotik kullanım politikalarının sıkılaştırılmasının zorunlu olduğunu vurgulamaktadır. Bu bulgular, MDR S. Infantis suşlarının izlenmesi ve kontrol altına alınması için genomik epidemiyoloji temelli bir yaklaşımın gerekliliğini ortaya koymaktadır. Anahtar Sözcükler: Antimikrobiyal Direnç, Genomik Epidemiyoloji, Plazmid Analizi, Salmonella Infantis, Tüm Genom Dizileme