Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2013
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: BUKET TAŞDİZEN
Danışman: HANDAN OLĞAR
Özet:Proteinlerin potansiyel enerji yüzeyleri çok sayıda bölgesel minimum, bariyerler ve topolojik şekillerden oluşur. Proteinin doğal yapısı en düşük enerjiye sahip olduğu için, özellikle yerel minimuma yakın olan enerjiler çok önemlidir, çünkü potansiyel enerji yüzeyi sistemin davranışını tanımlar. Proteinlerin 3 boyutlu konformasyon uzayı yapısının iri taneli örgü dışı bir protein modeli olan AB model ile multikanonik algoritma kullanılarak araştırılması dizilimlerin serbest enerji yüzeyleri ve katlanma karakteristikleri hakkında bilgi verir. Bu çalışmada farklı heteropolimerlerin önce dönme yarıçapı ile konformasyon uzayları çalışılmış, daha sonra dönme tensörü özdeğerlerinden yararlanılarak yazılan küresel olmama durumu ve anizotropi gibi yeni parametreler tanımlanmıştır. Tanımlanan yeni parametrelerle dönme yarıçapıyla elde edilen verilere destekleyici bilgiler bulunmuştur. Gerçek proteinlerden ve yapay peptitlerden bilinen katlanma karakteristikleri gözlemlenmiştir.AbstractThe configuration space of proteins presents a complex energy profile consisting of numerous local minima, barriers and further topological features. The topography of the energy landscape, especially near the global minimum is of particular importance; this is because the potential energy surface defines the behavior of the system. Within the frame of an effective, coarse-grained hydrophobic-polar protein model, we employ multicanonical algorithm to investigate free-energy landscapes and folding channels. The obtained pictures serve as a useful tool for visualization of the funnel-like structure of considered systems in the configuration space.