Laktokok fajlarının gelişme parametreleri, kapsid proteinleri ve restriksiyon endonukleaz analizleri esas alınarak sınıflandırılması
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, GIDA MÜHENDİSLİĞİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2003
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: PINAR ŞANLIBABA
Danışman: MUSTAFA AKÇELİK
Özet:ÖZET Doktora Tezi LAKTOKOK FAJLARININ; GELİŞME PARAMETRELERİ, KAPSÎD PROTEİNLERİ VE RESTRİKSİYON ENDONUKLEAZ ANALİZLERİ ESAS ALINARAK SINIFLANDIRILMASI Pınar ŞANLIBABA Ankara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Gıda Mühendisliği Anabilim Dalı Danışman: Prof. Dr. Mustafa AKÇELİK Bu çalışmada, Türkiye genelini temsil eden çiğ süt ve peyniraltı suyu örneklerinden izole edilen 32 L lactis subsp. lactis, 14 Z. lactis subsp. cremâris, 14 L. lactis subsp. lactis biovar. diacetylactis fajuun; 98 farklı L. lactis suşuna (61 L. lactis subsp. lactis, 24 L. lactis subsp. cremoris ve 13 I. lactis subsp. lactis biovar. diacetylactis) karşı konakçı etkinlikleri esas alınarak dominant tipleri belirlendi ve bu dominant faj tiplerinde; gelişme parametrelerinin, faj protein profillerinin ve faj DNA restriksiyon endonukleaz fragmentlerinin tanımlanması suretiyle sınıflandırma şemaları oluşturuldu. Laktokok suşlarına karşı % 50 ve üzerinde litik etki gösterme özelliğine göre, 18 dominant faj tanımlandı. Bu fajlara ilave olarak tamamen aynı konakçı etkinliğine sahip 2 faj ve farklı konakçı suşlar kullanılarak izole edilen 4 faj da moleküler analiz denemelerine dahil edildi. Toplam 24 laktokok fajmda; latent dönem 5-15 dakika, artış dönemi 5-35 dakika, plak büyüklüp 0,6 - 1,5 mm, adsorbsiyon oram % 94,6 - 99,9, patlama büyüklüğü 44 - 147 adet ve plak etkinliği 0,96 - 1 arasında bulundu. 24 laktokok fajında 6,5 - 208,9 kDa moleküler büyüklükte 24-31 adet arasında değişen sayıda toplam yapısal protein ve 6,5 - 38 kDa moleküler büyüklükte 2-8 adet arasında değişen sayıda major yapısal protein saptandı. Laktokok fajlan toplam yapısal protein içeriklerine göre 5 farklı grup, major yapısal protein içeriklerine göre ise 4 farklı grup altında sınıflandırıldı. 24 laktokok fajuun toplam genom büyüklükleri 19,6 - 39 kb değerleri arasında tanımlandı. Laktokok faj genomlarında restriksiyon endonukleaz enzim tanıma ve kesim bölgelerinin çakışmasına göre 8 farklı faj grubu oluşturuldu. Araştırmada kullanılan sınıflandırma kriterleri içerisinde, faj farklılığının ya da benzerliğinin saptanmasında en güvenilir test yöntemi, restriksiyon endonukleaz analizleri olarak tanımlandı. 2003, 98 sayfa ANAHTAR KELİMELER: Lactococcus lactis, faj, sınıflandırma, gelişme parametreleri, protein profili, restriksiyon endonukleaz analizi