Lösemilerdeki füzyon genlerinin taranmasına yönelik yeni nesil dizileme panellerinin geliştirilmesi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Biyoteknoloji Enstitüsü, Biyoteknoloji Anabilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2021
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: SADIK ÇİĞDEM
Danışman: EMRE KESKİN
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Hematolojik malignitelerin tanısı sitolojik, sitogenetik ve moleküler genetik analizleri içeren multidisipliner yaklaşımlara dayanır. Kanser genomiğindeki ilerlemeler çeşitli kanserlerde belirgin prognostik değere sahip tekrarlayan mutasyonların tanımlanmasını sağlamıştır. Şimdiye kadar akut lösemilerde kromozomal yeniden düzenlemeler sonucu oluşan yüzlerce füzyon gen tespit edilmiştir. Lösemilerdeki bu tür mutasyonların test edilmesi kişiselleştirilmiş tedaviler için zorunludur. Geleneksel klinik tanıda kullanılan birçok yöntem füzyon genleri tam olarak saptayamamaktadır. Mevcut teknik sınırlamaların üstesinden gelmek için bu çalışmada hedefe yönelik yeni nesil dizileme yaklaşımı test edildi. Füzyon genlerin birleşme noktalarını içeren bölgelerin multipleks PZR bazlı paneller ile oluşturulan kütüphaneleri Illumina platformu kullanılarak dizilendikten sonra biyoinformatik yaklaşımlarla analiz edildi. 20 adet KMT2A füzyon transkripti için uyarlanmış AmpliSeq (Illumina) füzyon paneli ile bu füzyon transkriptleri taklit eden DNA parçaları kullanılarak yapılan mPZR ile 19 amplikon oluşturulabildi. NGS işlemleri ve biyoinformatik analizlerle 17 amplikon için belirgin bir sonuç alınırken, geriye kalan 3 tanesi için az sayıda füzyon olayını kesin bir şekilde tanımlayan bağlantı okumaları elde edildi. Yapılan titrasyon çalışmalarında, füzyon panelin 1 pg kadar eser miktarlardaki kalıp DNA parçalarını tespit edebildiği gösterildi. Bu sonuçlar, füzyon panelin klinik örnekler üzerinde denendikten sonra, kapsamındaki füzyon transkriptler için klinik tanıda kullanılabileceğini göstermektedir.