Agresif periodontitiste etkin GLT6D1 geninin zebra balığındaki ortoloğunun tanımlanması
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, PERİODONTOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2018
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: RAHME BARBAROS
Danışman: GÜLDEN EREŞ
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Agresif Periodontitiste Etkin GLT6D1 Geninin Zebrabalığındaki Ortoloğunun Tanımlanması İn vivo yapılan bu araştırmada, GWAS (Genome Wide Association Studies) çalışmaları sonucunda agresif periodontitisle güçlü ilişkiye sahip olduğu düşünülen ve insanda tanımlı GLT6D1 geninin zebrabalığındaki muhtemel transkript varyantlarının tanımlanması ve zebrabalığı embriyolarında bu genin ifade profilinin ortaya konulması amaçlanmıştır. Çalışmada zebrabalığının AB suşları kullanıldı. Her gün için ayrı olacak şekilde 2, 3, 4, 5, 6 günlük embriyolardan 30ar adet embriyo toplanarak hem DNA çıkartılarak hem de çıkartılmadan RNA izolasyonu yapıldı. İzole edilen total RNA'dan cDNA sentezlendi. Biyoenformatik ön çalışmalardan elde ettiğimiz bulgulara göre GLT6D1 geninin zebrabalığındaki muhtemel ortoloğunun Gbgt1l3, Gbgt1l1, Gbgt1l4 genlerinden biri olabileceği belirlendi ve bu genler için primer dizaynı yapıldı. Elde edilen primerler ve cDNA'lerle RT-qPCR amplifikasyonu gerçekleştirildi. Deney sonucunda elde edilen Ct (Threshold cycle) değerleri kullanılarak delta Ct (ΔCt) değerleri hesaplandı. 2^(-ΔCt) metoduyla elde edilen verilere göre grafikler çizildi. GLT6D1 geninin muhtemel ortoloğu zebrabalığı embriyolarının diş gelişimlerinin başladığı gün olan 2. günde ifadesinde artış görülen Gbgt1l3 geni olduğu için, bu genin 1-5, 4-7 ve 1-7 ekzon bölgeleri için ayrı primerler tasarlandı. Optimum bağlanma sıcaklığını tespit etmek amacıyla DNA çıkartımı yapılarak elde edilen embriyo örnekleri ve primerler kullanılarak Gradient PCR yapıldı. Belirlenen optimum sıcaklıkta PCR uygulandı. PCR'dan elde edilen ürünlerle jel elektroforezi gerçekleştirildi ve Gbgt1l3 geninin alternatif kırpılma analizi değerlendirildi. Gbgt1l3, Gbgt1l1 ve Gbgt1l4 genlerinin DNA çıkartımı uygulanan embriyo örneklerinde ortaya koydukları göreceli ifade profillerini belirlemek için Actb2 ve Elfa referans genleriyle, ilgili genlerin RT-qPCR sonuçları karşılaştırıldı. Bu deneyden elde edilen sonuçlara göre 3. ve 6. günlerde Gbgt1l3 geninin ifadesi artmakta, 6. günde ise maksimum seviyeye ulaşmaktadır. 2, 4, 5 günlük embriyolarda ise genin ifadesi diğer günlere göre daha azdır. Gbgt1l4 geninin DNA çıkartımı uygulanan embriyo örneklerinde ortaya koyduğu göreceli ifade profilinde 3. ve 6. günlerde ilgili genin ifadesinde artış görülmektedir. Bir diğer araştırılan gen olan Gbgt1l1 geninin göreceli ifade profili ise, DNA çıkartımı yapılarak elde edilen 2, 3, 4, 5, 6 günlük embriyo örneklerinin hepsinde düşüktür. Gbgt1l3 geninin alternatif kırpılma gösterip göstermediğini değerlendirmek için yaptığımız jel elektroforez deneyine göre, bu gen için tasarlanan 3 primerin de alternatif kırpılma ortaya koymadığı yani ayni genden oluşan farklı ürünlere sebep olmadığı tespit edildi. Çalışmamızın sonuçlarına göre agresif periodontitisle ilişkilendirilen GLT6D1 geninin zebrabalığındaki muhtemel ortoloğu Gbgt1l3'tür ve bu genin embriyolardaki ifadesi anlamlıdır. Bu tespitle ilgili genin agresif periodontitis üzerindeki rolünü kesinleştirmek için etkisinin azaltılması (knock-down) veya susturulması (knock-out) gibi ileri genetik araştırmalar için temel oluşturan ilk çalışma yapılmış olundu. Anahtar Kelimeler: Agresif periodontitis, GLT6D1 geni, Ortolog gen, Zebrabalığı