Farklı şekillerde saklanan doku örneklerinde lenfoid hücre klonalitesinin moleküler yöntemlerle araştırılması
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Biyoteknoloji Enstitüsü, Biyoteknoloji Anabilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2005
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: YASEMİN ŞAHİN
Danışman: IŞINSU KUZU
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Farklı Şekilde Saklanan Doku Örneklerinde Lenfoid Hücre Klonalitesinin Moleküler Yöntemlerle Araştırılması ÖZET Rutin patoloji incelemelerinde farklı solüsyonlarla tesbit edilmiş, parafine gömülü arşiv materyalleri kullanılmaktadır. Şüpheli B lenfosit proliferasyonlannda reaktif-neoplastik ayırım için immünofenotipik incelemeler yetersiz kalabilmekte, bu durumda moleküler incelemelere gereksinim duyulmaktadır. Tam amaçlı yapılan moleküler incelemelerde en sık PZR yöntemi tercih edilmektedir, immunoglobulin ağır zincir (IgH) genlerinin klonal olduğunun gösterilmesi tanısal yaklaşım için kuUanılmaktadır. Bu çalışmada, klonal olduğundan emin olumdan çeşitli B hücreli lenfoma olgularında, multipleks PZR ve heterodupleks analiz yöntemi kullanılarak tesbit solüsyonlarının, DNA kalitesi, miktarı ve saflığının, blok yaşının klonalite saptanmasına etkisinin araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaçla 59 B hücreli lenfoma hastasına ait biyopsi materyallerinden elde edilen DNA örnekleri incelenmiştir. Bu materyallerin 42'si formalin, 7'si AFA, 6'sı Holland, solusyonuyla tesbit edilmiş, 4'ü tesbit solüsyonu bilinmeyen konsültasyon hastasına aittir. Materyallerin 11 'i 2005, 24 'ü 2004, 12'si 2003, 6'sı 2002, 6'sı 2001 yılına ait parafin bloklardır. BIOMED-2 kontrol primerleri kullanılarak yapılan multipleks PZR sonucunda, formalinle tesbit edilmiş hasta materyallerin %92.8'inden, AFA ile tesbit edilmiş materyallerin %100'ünden, holland ile tesbit edilmiş materyallerin %16.7'sinden olmak üzere tüm doku materyallerinin %84.8'inden iyi kalitede (<400 bç) DNA molekülü elde edilmiştir. DNA örnekleri standart kit ile izole edildiğinden saflığın klonalitenin saptanmasında etkili olmadıği görülmüştür. Ancak, DNA miktarı ve kalitesi arttıkça klonalitenin saptanma oranının arttığı görülmüştür. BIOMED-2 Concerted Action BMH4-CT98-3936 IgH (VH-JH) ve IgH (DH- JH) primerleri ile yapılan multipleks PZR ve heterodupleks analiz sonrasında, çalışılan B hücreli lenfomalann %81.4'ünde klonalite saptanmıştır. Formalinle tesbit edilmiş B hücreli lenfoma olgularında %90.5 oranında ve AFA ile tesbit edilmiş olgularda %100 oranında klonalite saptanırken, holland ile tesbit edilmiş olan B hücreli lenfoma olgularında klonalite saptanamamıştır. DNA iyi kalitede olmasına rağmen PZR analizi başarısız olan 4 (%8) olgu saptanmıştır. Bunlar klonal olması beklenen DBBHL, HCL, BL, FL şeklindeki farklı lenfoma tiplerine aittir. Sonuç olarak, kullanılan multipleks PZR ve heterodupleks analiz yöntemi rutin patoloji laboratuvarlarmda, şüpheli lenfoproliferatif olgulara tam koymada yüksek duyarlılıkta ve güvenilirliktedir. Tesbit solüsyonlarının DNA kalitesi üzerine ve dolayısıyla da B hücreli lenfoma olgularında klonalite saptanması üzerine etkisi olmaktadır. Tesbit solüsyonları arasında en iyi sonuç sırasıyla AFA ve formalin ile elde edilmiştir. Holland solüsyonun moleküler analizlerde kullamlmaması gerekir. Beş yıllık periyodun bloklarda DNA kalitesine etkisi bulunmamaktadır. Parafine gömülü doku örnekleri kullanıldığında klonalite amaçlı PZR çalışılmadan önce tanımlanmış kontrol primerleri kullanılarak multipleks PZR ile DNA kalitesinin ölçülmesi gerekir. Anahtar Kelimeler: B Hücre Klonalitesi, Heterodupleks Analiz, Multipleks PZR