Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Biyoteknoloji Enstitüsü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2012
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: UMUT KİBAR
Danışman: Ali Ergül
Özet:
Bitkilerde SSR (Simple Sequence Repeat) tespiti için; genomik DNA kütüphaneleri kullanılarak SSR tespiti ve EST (Expressed Sequence Tag) koleksiyonları analiz edilerek SSR tespiti olmak üzere iki yaklaşım kullanılmaktadır.Bitki EST verilerinden tespit edilen SSR' lar ile birçok bitki türünde geniş bir veri tabanı oluşturulmuştur. Bu çalışmada NCBI (National Center for Biotechnology Information) veri tabanlarında bulunan Vitis cinsine ait stresle ilgili kök gen dizileri kullanılarak EST koleksiyonlarından etkin ve hızlı bir şekilde SSR tespiti yapabilmek amacıyla ?AUBiotek-EST-Analyzer? programı geliştirilmiştir.NCBI veritabanında yer alan TSeq_taxid = 29760 numaralı Cabernet Sauvignon (Vitis vinifera L.) üzüm çeşidinin stres uygulanmış köklerine ait EST koleksiyonu *.xml formatında ?AUBiotek-EST-Analyzer? programına yerleştirilerek (input edilerek) bu koleksiyonda bulunan tek tip motif içeren düzenli tekrar SSR bölgeleri taranmıştır. Program ile her bir EST dizisi *.xml formatında okunup, ilgili dizide bulunan tekrarlar en az 12 baz uzunluğunda olacak şekilde listelenmiş, EST sekansında bulunan her bir tekrar bölgesinin hangi motifi içerdiği, kaç tekrar yaptığı, tekrarların ilgili dizide kaçıncı bazdan başladığı ve tamamlandığı belirlenmiştir. 16452 EST dizisinin kısa sürede analizi yapılarak tüm tekrar bölgelerinin listesi çıkarılmış, analiz sonunda bulunan veriler excel formatında kaydedilmiştir. DesignerPCR programı kullanılarak 75 çift kök SSR primeri dizayn edilmiştir. Tespit edilen primerin test edilmesi için, TTG, AAC, CAT, ATG, GAT, GA olmak üzere 6 farklı tekrar motifinden rastgele seçilen 14 adet lokus primeri ile Şam Büzgülü (Vitis vinifera L.)' üzüm çeşidinde gerçekleştirilen PCR analizlerinde ilgili lokus bölgeleri başarı ile çoğaltılmıştır.Bu tezde geliştirilen yazılım ile EST koleksiyonlarından kısa sürede, maliyetsiz, kolay ve başarılı bir şekilde SSR bölgelerinin tespitini yapmak mümkün olmuştur.