Fibrosarkoma ve deri fibroblast hücre hatlarının karşılaştırmalı proteomik analizleri
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, BİYOKİMYA ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2013
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: ÖĞÜNÇ MERAL
Danışman: HAMDİ UYSAL
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Proteom terimi bir genom tarafından kodlanan tüm proteinleri tanımlar. Proteomik terimi ise bir organizma, doku veya hücre hattından eksprese edilen bütün proteinlerin geniş çaplı olarak analiz edilmesi işlemini ifade eder. Normal ve kanser hücre hatlarında yapılan karşılaştırmalı proteomik analizler kanser gelişiminin moleküler mekanizmasının daha iyi anlaşılması ve yeni tümör belirteçlerinin veya ilaç hedeflerinin geliştirilmesinde önemli bir yer tutar. Çalışmanın amacı fibrosarkoma ve deri fibroblast hücre hatlarının protein ekspresyonlarının karşılaştırılması ve farklı ekspresyon gösteren proteinlerin identifikasyonunun yapılmasıdır. Çalışmamızda iki boyutlu poliakrilamid jel elektroforezi (2D-PAGE) ve sıvı kromatografi-ardışık kütle spektrometresinin (LC-MS/MS) kullanımı ile fibrosarkoma ve fibroblast hücre hatlarının karşılaştırmalı proteomik analizleri gerçekleştirilmiştir. Her iki hücre hattında hücre içi proteinlerin analizi için hücre lizatı, hücre dışı proteinlerin analizi için sekretom örnekleri oluşturulmuştur. Analizler sonucunda hücre lizatı örneklerinde fibrosarkoma hücre hattında fibroblast hücre hattına göre ekspresyonu artan 13 protein (protein disülfit izomeraz A6, endoplazmin, HSP-60, protein NDRG1, TCP-1-epsilon, GRP-75, TCP-1-beta, protein disülfit izomeraz A3, STI1, peptidil prolil cis-trans izomeraz A, transgelin-2, heterojen nükleer ribonükleoprotein A2/B1), azalan 1 protein (MVP) identifiye edilmiş olup, sekretom örneklerinde fibrosarkoma hücre hattında gözlemlenip fibroblast hücre hattında gözlemlenmeyen 13 protein (SPARC, kalretikulin, amiloid ß A4, endoplazmin, galektin-1, GRP-78, alfa enolaz, peptidil prolil cis-trans izomeraz A ve B, gliseraldehit 3 fosfat dehidrogenaz, EF-1, ürokinaz tip plazminojen aktivatörü) identifiye edilmiştir. İdentifikasyonu yapılan proteinlerin kanserde hücre proliferasyonu, hücre farklılaşması, invazyon, metastaz ve apoptozis ile ilgili fonksiyonları olduğu bilinmektedir. Sonuç olarak elde edilen verilerin fibrosarkomanın moleküler mekanizmasının daha iyi anlaşılmasında önem arz ettiği ve ileride bu konu ile ilgili yapılacak klinik çalışmalar ile tanımlanan bu proteinlerin potansiyel tümör belirteci ve ilaç hedefleri olabilecekleri düşünülmektedir. Anahtar Kelimeler: 2D-PAGE, Fibrosarkoma, Fibroblast, LC-MS/MS, Proteomik