Behçet sendromunda miRNOM ve transkriptom profillerinin entegrasyonu
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2022
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: SEDA TAŞIR
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Özlem Yıldırım
Eş Danışman: Hilal Özdağ Sevgili
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Behçet sendromu (BS), Türkiye de dahil olmak üzere "İpek Yolu" boyunca sık görülen kronik, multisistemik ve enflamatuvar bir bozukluktur. Genetik, enfeksiyöz ve enflamatuvar bileşenlerin dahil olduğu bu süreçte BS'nin etiyopatogenezi hakkında hala pek çok şey bilinmemesinin yanısıra bahsigeçen patolojinin bir sendrom mu yoksa hastalık mı olduğuna dair literatürde bir konsensus bulunmamaktadır. Çalışmamızda bu kapsamda BS patolojisinin altında yatan moleküler mekanizmaların ve potansiyel tedavi hedeflerinin belirlenmesi için 46 BS olgusu (B) ve yaş-cinsiyet uyumlu 15 kontrol (K) bireyinde Affymetrix GeneChip miRNA 4.0 mikrodizinleri ile miRNA ifade analizi gerçekleştirilmiştir. BS olguları klinik özelliklerine göre mukokütan (MB, n=15), oküler (OB, n=15) ve vasküler (VB, n=16) olarak gruplandırılmış ve periferik kan örneklerinde farklı ifade edilen miRNA'lar belirlenmiştir. Sınıf karşılaştırması analizleri sonucunda BxK: 44, MBxK: 32, OBxK: 12, VBxK: 76, MBxO: 24, MBxV: 30, OBxV: 20 farklı ifade edilen miRNA tespit edilmiştir. Venn diyagramı analizi sonucunda MBxKOBxKVBxK kesişiminde hsa-miR-25-5p ve hsa-miR-183-3p'nin ortak değişim gösteren miRNA'lar olduğu bulunmuştur. Kümeleme analizlerinde, BS'nin farklı klinik fenotiplerinin anlamlı bir şekilde kümelendiği gözlemlenmiştir. BS olgularının farklı hastalık fenotipleri farklı miRNA ifade profilleri sergilemiştir. Farklı klinik fenotiplere sahip BS olguları bir arada incelendiklerinde, önemli bilgi kaybı oluşturduğu gözlenmiştir. Gen ontolojisi terimleri zenginleşme analizleri, BS alt gruplarında, doğal ve adaptif bağışıklık yanıtlarıyla ilişkili biyolojik süreçleri göstermiştir. Türk BS olgularında, hsa-miR-25-5p, hsa-miR-183-3p, hsa-miR-20b-5p, hsa-miR-181a-5p ve hsa-miR-185-3p ile ilişkili ifade farklılıkları, hastalık patogenezinde rol oynuyor olarak görülmüştür. BS durumunda miRNom ve transkriptom verilerinin entegrasyonunun, tek başına ele alınacak miRNom verisinin incelenmesine oranla, özellikle gen ontolojisi analizlerinde daha detaylı ve özgül bilgiler sunmaktadır.