Peste des petits ruminants virus (PPRV) enfeksiyonunun epidemiyolojisinin N ve F genlerine dayalı farklı PCR teknikleri ile araştırılması

---

Tezin Türü: Doktora

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, VİROLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2013

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: AHMET SAİT

Danışman: SEVAL BİLGE DAĞALP

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Bu çalışmada, Türkiye?nin değişik bölgelerinde yetiştirilen 6 ay yaşın üzerindeki koyun ve keçilerden PPRV enfeksiyonu şüphesi ile alınan kan, nasal swap örnekleri ile Pendik Veteriner Kontrol Enstitüsü Viral Teşhis Laboratuvarına gelen doku örnekleri (lenf yumrusu, akciğer, rektum, ince barsak ve dalak) virolojik kontrol amacıyla RT-PCR testlerine tabi tutulmuştur. Virolojik kontrol amacıyla alınan toplam 574 örnekten viral nükleik asit tespiti F ve N gen bölgelerini hedef alan konvansiyonel RT-PCR ve N gen bölgesini hedef alan Real-Time RT-PCR ile yapılmıştır. Konvansiyonel F gen RT-PCR ile %35,5 (204/574), konvansiyonel N gen RT-PCR ile %39,3 (226/574) ve Real Time N gen RT-PCR ile %44,4 (255/574) oranında pozitiflik elde edilmiştir. Üç metod birlikte değerlendirildiğinde ise PPRV enfeksiyonunda pozitiflik oranı %45.8 olarak tespit edildi. Konvansiyonel RT-PCR testleri sonunda elde edilen pozitif örneklerden illeri temsil edecek şekilde seçilen örneklerden 53 adet F gen ve 60 adet N gen kısmi dizin analizleri yapılmış ve gen bankası ulaşım numaraları JQ388615-JQ388664, JQ519907-JQ519965, JX117877-JX117880 olarak 3 grup altında alınmıştır. Yapılan filogenetik analiz sonrasında, her iki gen bölgesine göre ülkede sirküle olan PPR viruslarının IV. genetik hatta yer aldığı görülmüştür. F gen kısmi dizin analizleri sonunda elde edilen dizinlerin nükleotid düzeyinde kendi aralarında, Turkey2000 ve Nigeria/75/1 dizini ile sırasıyla %98,2-100, %97,9-98,9 ve %91,3-92,4 değişen oranlarda benzer oldukları tespit edilmiştir. N gen kısmi dizin analizleri sonunda ise dizinlerin nükleotid düzeyinde kendi aralarında, Turkey2000 ve Nigeria/75/1 dizini ile sırasıyla %94,2-100, %94,2-98,3 ve %89,3-90,9 değişen oranlarda benzer oldukları tespit edilmiştir. Bu sonuçlar ışığında PPRV enfeksiyonunun ülkede endemik olduğu bir kez daha ortaya konmuş; enfeksiyonun teşhisinde rRT-PCR tekniğinin, kullanılan konvansiyonel tekniklere göre etkinliği gösterilmiş, hayvan hareketlerinin sınırlandırılmasının zorluğuna dikkat çekilerek enfeksiyondan korunmada en etkili yolun duyarlı populasyonların aşılanması olduğu sonucuna varılmıştır.