Türkiye kökenli Lactococcus lactis suşlarının kromozomal farklılıklarının tanımlanması
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Biyoteknoloji Enstitüsü, Biyoteknoloji Anabilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2012
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: ÖZLEM GÜNAY
Danışman: MUSTAFA AKÇELİK
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Bu çalışmada, Türkiye' nin farklı bölgelerinden izole edilen çiğ süt kaynaklı, fenotipik testlerle suş düzeyinde tanımlanmış olan 30 adet Lactococcus lactis suşunun, moleküler yöntemlerin kullanımıyla tanımlanması sağlanmıştır. Suşların genetik çeşitliliklerinin belirlenmesi amacıyla kullanılabilecek birkaç tanımlama tekniği seçilmiştir. Başlangıçta hem izolatların suş düzeyinde tanımlanabilmesi için hem de suşlar arasındaki benzerliklerin saptanması amacıyla plazmid profilleme yöntemi kullanılmıştır. Tüm suşların bir ya da daha fazla plazmide sahip olduğu tespit edilmiştir. L. lactis subsp. lactis, L. lactis subsp. cremoris ve L. lactis subsp. lactis biovar diacetylactis olduğu düşünülen suşların hepsinin farklı plazmid profilleri gösterdikleri saptanmıştır. Suşların plazmid profilleri karşılaştırıldığında birbirleri ile %55 oranında benzerlik gösteren bir grup oluşturdukları belirlenmiştir. PFGE analizleri ile, genomun bütünü SmaI, ApaI ve I-CeuI restriksiyon endonükleazları ile kesilmiş ve farklı PFGE profilleri gösteren 4 suşun dışındaki tüm suşların birbirleri ile benzer oldukları saptanmışır. Sonuçlar L. lactis olduğu PFGE ile tanımlanan 26 suş arasında yüksek derecede heterojenitenin varlığını göstermiştir. Suşlar arasındaki kromozomal farklar dikkate alındığında SmaI enzim kesimi sonucunda, suşlardan 10 tanesinin referans suş olarak kullanılan L. lactis subsp. lactis ATCC 7962 ve IL1403 ile, 3 tanesinin ise referans suş olarak kullanılan L. lactis subsp. cremoris MG1614 ile benzerlik düzeyi %75 olan gruplar oluşturmuşlardır. Diğer yandan, çoğunluğunun L. lactis subsp. lactis biovar diacetylactis suşlarının oluşturduğu 13 suşu içeren bir grup ise % 65 benzerlik oranıyla bir arada kümelenmiştir. L. lactis suşlarında 6 adet rRNA operonu bulunduğu bilinmektedir. I-CeuI restriksiyon endonükleaz enzimi, evrimsel sürecte oldukça korunmuş bölgeler olan 23S rDNA operon bölgelerinden kesim yapmakta ve L. lactis suşları için 6 makrorestriksiyon parçası oluşturmaktadır. Operon sayısı farklılık gösteren suşlar, 16S rDNA bölgelerine spesifik olarak tasarlanmış primerlerin kullanımıyla polimeraz zincir reaksiyonlarına tabi tutulmuştur. 16S rDNA dizi analizi sonuçları, 4 suşun yanlış tanımlandığını, suşlarının 1 tanesinin Enterococcus durans diğer 3 tanesinin ise Streptococcus bovis olduğunu doğrulamıştır.