DNA dizi analizi yöntemleri ile sonuç alınamayan genetik hastalıklarda m-RNA dizileme yöntemi ile moleküler etiyolojinin araştırılması
Tezin Türü: Tıpta Uzmanlık
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Dahili Tıp Bilimleri Bölümü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2025
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: OKAN KURTÇU
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Timur Tuncalı
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Giriş ve amaç: Genetik hastalıklarda, moleküler tanı için çoğunlukla tek gen dizileme, hedefli paneller, tüm ekzom dizileme gibi yöntemler kullanılır. Ancak, bu yöntemler derin intronik varyantları, yapısal değişiklikleri ve klinik önemi belirsiz varyantların klinik etkilerini belirlemede yetersiz kalabilir. Prenatal tanı veya preimplantasyon genetik tanı (PGT), kalıtsal hastalıklara sahip ailelerin sağlıklı çocuk sahibi olmasını sağlayabilir. Kalıtsal bir hastalığı olan veya kalıtsal bir hastalık için taşıyıcı olduğu bilinen evli çiftlerin; sağlıklı bebek sahibi olması için uygulanan PGT ve yardımcı üreme tekniklerine yönelik geri ödeme kapsamındaki hastalık listesi, 1 Ağustos 2021 tarihinde güncellenen Sağlık Uygulama Tebliği ile genişletilmiş ve bazı metabolik hastalıklar eklenmiştir. Antisense oligonükleotidler, U1-snRNA modülasyonu, kırpılma mutasyonları taşıyan hastalarda araştırma ve geliştirmesi devam etmekte olan tedavi yöntemleridir. Bu tedavi yöntemlerine uygunluğunun belirlenebilmesi için ve prenatal tanının endike olduğu olgularda, mutasyonun moleküler genetik yöntemler ile gösterilmesi gerekmektedir. Bu çalışmada, DNA dizi analizi yöntemleri ile sonuç alınamayan genetik hastalık tanısının net olduğu olgularda m-RNA dizileme yöntemi ile incelenerek moleküler etiyolojinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya rutin genetik testler ile tanı alamayan 15 olgu dahil edilmiştir. RNA eldesi için periferik kan, periferik kan mononükleer hücreleri, fibroblast ve idrar kullanılmıştır. RNA izolasyonu sonrasında m-RNA dizileme çalışma yapılmıştır. Çalışma sonucunda saptanan RNA değişiklikleri doğrulanmış ve değişikliğe neden olan mutasyon belirlenerek, aile içinde segregasyon çalışması uygulanmıştır. Bulgular: Çalışmaya alınan 8 olguda RNA değişikliği tespit edildi. Bu değişiklikler sonucunda GNPTAB, HLCS, GLB1, FBXL4 genlerinde derin intronik varyantlar, bir olguda IDS-IDSP1 yeniden düzenlenmesi ve IDS-EOLA1 füzyon geni, bir olguda GLB1 geninde heterozigot ekzon delesyonu, MSUD tanılı daha önce yapılan dizi analizi incelemelerinde yanlış negatif sonuç verilen bir olguda BCKDHA homozigot ekzon delesyonu, mitokondriyal hastalık düşünülen bir olguda 5'UTR bölgesindeki RNA değişikliği gösterilerek bozulmuş uORF mekanizması, KCNQ1 geninde ardışık ekzon atlamaları ve CDKN1C geninde ifade değişikliği saptanarak hastaların klinik bulgularının genetik olarak açıklanmasına katkıda bulunuldu. Sonuç: Çalışmada tespit edilen intronik varyantlar ilgili genlerde tanımlanmış ilk derin intronik varyantlardır. Ayrıca çalışmamız idrardan derive hücre kültürü ile RNA dizileme yapılan Türkiye'deki ilk çalışmadır. RNA dizileme, tüm ekzom dizileme ve tüm genom dizileme yöntemlerinin sınırlılıklarını aşabilmesi (derin intronik varyantlar, heterozigot ekzon delesyonları gibi) ile analiz edilmesi zor bölgelerin fonksiyonel olarak incelenmesini sağlaması (5'UTR gibi) nedeniyle moleküler tanısı konamamış genetik hastalıklarda güçlü bir alternatiftir. Hastaların moleküler tanısına katkı vererek, prenatal tanı-preimplantasyon genetik tanıdan ve kırpılmayı modüle eden tedavi olanaklarından faydalanması sağlanır. Ayrıca, hasta kliniğiyle ilişkilendirilemeyen bir varyant bulunması veya ilgili gende herhangi bir varyant bulunmaması durumunda da gen ekspresyon analizleri tanıya katkı sağlayabilir. RNA dizileme, tanı için tek başına veya diğer yöntemlerle (tüm ekzom dizileme, tüm genom dizileme, optik haritalama) kombine olarak kullanılabilir. Anahtar Kelimeler: RNA dizileme, idrar derive hücre, derin intronik varyant, ekspresyon