Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2016
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: SALİSU SULLEY
Danışman: İBRAHİM ÖZER ELİBÜYÜK
Özet:Bu çalışma ile Antalya’nın beş farklı bölgesinden izole edilen ToCV’nin kılıf proteingeninin ilk tam sekansı ve karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Virüs RNA’sıPureLink® RNA Mini Kit kullanılarak enfekteli domates bitkilerinden izole edilmiş vesaflaştırılmıştır. Virüsün kısmi RNA2 genomu (1163 bp) ile tüm kılıf protein genini(774 bp) dizilemek için ToCV’ye özgü primerler tasarlanmıştır. Kılıf proteinfamilyasının analizi ToCV kılıf proteininin Closter_coat protein superfamilya’ye(closter kılıf protein süperailesi) dahil olduğunu göstermiştir. Antalya’dan izole edilenbeş ToCV izolatının kılıf protein dizilemesi bu bölgenin oldukça korunmuş olduğunugöstermiştir; Merkez ve Serik izolatlarının aminoasit sekansı % 100 benzer olarakbulunmuştur. Diğer ülke izolatları ile ToCV-Türkiye’nin sekans analizleri bizimizolatlarımızın Yunan izolatı ile büyük bir benzerlik gösterdiğini (% 99.22) göstermişve Neighbor Joining algoritması kullanılarak filogenetik ağaçta bir kümeoluşturulmuştur. Filogenetik analiz ToCV’nin Crinivirus cinsinden bir virüs olduğunutastiklemiş ve Tatlı patates klororotik cücelik virüsü’ne (Sweet potato chlorotic stuntvirus, SPCSV) çok benzer olduğunu da ortaya koymuştur. Gelecekte yapılacak tümgenom analizi bizim izolatlarımız ile diğer ülke izolatlarının ilişkisini daha açık birbiçimde tanımlayacak ve genomik organizasyonunu da daha net değerlendirme olanağıverecektir.AbstractIn this study, we report the first complete sequence and characterisation of the coatprotein coding gene of Tomato chlorosis virus from five different districts in Antalya.The virus RNA was isolated and purified from infected tomato plants on the field usingPureLink® RNA Mini Kit. ToCV specific primers were designed to sequence thepartial RNA 2 genome (1163 bp) of the virus which included the full coat protein gene(774 bp). Analysis of the coat protein family confirmed that ToCV coat protein belongsto the Closter_coat protein super family. The coat protein sequence of the five isolatesfrom Turkey proved to be highly conserved such that the amino acid sequence ofMerkez and Serik isolates were found to be 100 percent similar. Sequence analyses ofToCV-Turkey with other isolates revealed the greatest identity with Greek isolate(99.22%), forming a cluster in the phylogenetic tree using the neighbour joiningalgorithm. Phylogenetic analysis confirmed assignment of ToCV in the genusCrinivirus, being most similar to Sweet potato chlorotic stunt virus (SPCSV). Futurestudies on the complete genome will define more clearly it’s the relatedness andgenomic organisation to assess more definitively its relationship.