Türkiye'de SARS-CoV-2'nin tüm genom dizileme

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Biyoteknoloji Enstitüsü, Biyoteknoloji Anabilim Dalı, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2021

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: NEJAT SIRAJ MOHAMMED

Danışman: ABDURRAHMAN MİTHAT BOZDAYI

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

SARS CoV-2, hafif ila agresif solunum sistemi enfeksiyonlarından sorumlu olan RNA virüsüdür. Aralık 2019'dan günümüze kadar bu virüs yaklaşık 173 Milyon insanın morbiditesine ve 3.72 Milyon insanın mortalitesine neden oldu. Bu çalışmanın amacı Türkiye'deki hastalardan izole edilen viral suşların tüm genom dizilimini yapmaktadır. Sekanslama işlemi, Illumina Iseq 100'de PARAGON Cleanplex sekanslama paneli kullanılarak gerçekleştirildi. Çalışmamızda 72 örnekler sekanslanabildi ve toplam 84 mutasyon rapor edilmişti. En yaygın görülen nükleotid varyasyonu, genomun ORF1ab, S ve N bölgelerinde mevcuttu. Bu varyasyonlardan bazıları eşanlamlı olmayan amino asit mutasyonları ile sonuçlanmıştır. Çalışmamızda en sık görülen amino asit mutasyonlarından biri olan D614G çoğu örneklerde 14408C>T ve 3037C>T ile birlikte bulunmuştur. Bu birlikte var olan mutasyonlar son zamanlarda Avrupa'da en sık gözlenen varyantlardan birinin karakteristiği olarak tanımlanmıştır. Çalışmamızdan elde edilen veriler, açıklanan mutasyonların ilaca dirençli viral fenotiplerin ortaya çıkmasına neden olup olmayacağını görmek için kullanılabilir. Bu mutasyonlar ayrıca virüsün patojenitesini, geçişini ve replikasyon oranını da etkileyebilir. Bu nedenle, mutasyonların kesin sonucunu analiz etmek ve virüsün devam eden evrimini izlemek için daha fazla değerlendirme yapılması önermektedir.