Salmonella typhimurium dam mutantlarında biyofilm regülasyonunun transkriptomik analizi

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, BİYOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2021

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: SELMA KEÇELİ

Danışman: MUSTAFA AKÇELİK

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Bu çalışmada, S. Typhimurium 14028 doğal suşu ve onun dam geni delesyona uğratılmış mutantında biyofilm oluşumunun engellenmesi için etkin preparatların dizaynı yanında, söz konusu suşların stres koşullarında verdiği yanıtlar ve RNA ifade düzeyleri, karşılaştırmalı bir şekilde araştırıldı. Bu denemeler sonucunda; nisin 1 mg/mL + EDTA 10 mM + CIP 5 µg/mL kombinasyonu test edilen antibiyofilm ajanları arasında en etkin antibiyofilm kombinasyonu olarak belirlendi. Diğer yandan glukoz ve safra tuzları ile yaratılan stres koşulları altında doğal suş ve dam mutantında biyofilm oluşumunun inhibisyonu belirgin bir şekilde meydana geldi. dam mutantında ayrıca hareketlilik (swimming ve swarming), selüloz ve selülaz üretimlerinin yüksek oranda engellendiği fenotipik testler sonucu tanımlandı. S. Typhimurium 14028 doğal suşu ile onun dam geni bakımından mutant suşunun ürettiği biyofilm formları kullanılarak yürütülen karşılaştırmalı RNA seq analizleri sonucunda; dam geninin söz konusu organizmada stres yanıtı, biyofilm üretimi ve merkezi metabolizmaya dahil çok sayıda genin regülasyonuna doğrudan, ya da miRNA sentezini regüle etmek suretiyle dolaylı bir şekilde katıldığı tespit edildi. Bu veriler dam geninin Salmonella'da global regülatör olduğuna dair ilk kanıtları teşkil etmektedir.