Behçet Sendromu'nda Karşılaştırmalı Genom Boyu İfade Analizi
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Biyoteknoloji Enstitüsü, Biyoteknoloji Anabilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2021
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: ALİ KEMAL OĞUZ
Danışman: HİLAL ÖZDAĞ SEVGİLİ
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Behçet sendromu (BS) kronik, multisistemik enflamatuvar bir sorundur ve Türkiye'yi de içerecek şekilde "İpek Yolu" boyunca sık belirlenmektedir. Önemli morbiditeleri ve yüksek mortalite hızı ile birlikte, BS'nin patogenezi, sınıflandırması ve rasyonel tedavi yaklaşımı ile ilgili halen cevaplanmamış sorular mevcuttur. Behçet sendromu'nun moleküler hastalık mekanizmalarını aydınlatmak ve muhtemel tedavi hedeflerini tanımlamak üzere, Türk BS olgularında mikrodizin temelli bir karşılaştırmalı genom boyu ifade analizi gerçekleştirdik. Bu amaçla, 29 BS olgusu (B) ve 15 yaş ve cinsiyet uyumlu kontrol bireyi (C) toplandı. Behçet sendromu olguları klinik özelliklerine göre mukokütan (M, n=8), oküler (O, n=5), vasküler (V, n=9) ve diğer (D, n=7) olarak gruplandırıldılar. GeneChip Human Genome U133 Plus 2.0 mikrodizinleri kullanılarak, BS olguları ile kontrollerin periferik kan örneklerinde gen ifadesi profillemesi gerçekleştirildi. Farklı ifadeye sahip gen (DEG) setlerinin ortaya konmasından sonra, gen ifade verisi, analiz/görüntüleme ve biyoinformatik zenginleşme analizi araçları kullanılarak ileri analizlere tabi tutuldular. Mikrodizin verisine ait geçerli kılma deneyleri, seçilmiş genler üzerinde kantitatif eş zamanlı PCR kullanılarak gerçekleştirildi. Sınıf karşılaştırması analizleri, p ve kat değişimi (FC) değerlerinin sırasıyla 0,05 ve 2,0 seçilmesiyle, şu DEG sayılarını verdiler; B x C: 28, M x C: 20, O x C: 8, V x C: 555, M x O: 6, M x V: 324, O x V: 142. Venn şeması analizi M x C O x C V x C kesişim kümesinde sadece iki geni, yani CLEC12A ve IFI27'yi ortaya koydu. Farklı ifadeye sahip gen setlerinde dikkat çeken diğer bir gen CLC olarak belirlendi. Kümeleme analizleri, farklı BS hastalık fenotiplerini başarıyla kümeledi. Gen ontolojisi terimleri zenginleşme analizleri, M grubunda doğal bağışıklık yanıtı ile ilgili biyolojik süreçleri gösterirken, O ve V gruplarında adaptif bağışıklık yanıtları belirgin olarak zenginleşme gösterdiler. Farklı hastalık fenotiplerine sahip BS olguları bir arada incelendiklerinde, özellikle moleküler düzeyde önemli bilgi kaybı oluşmaktadır. Behçet sendromu olgularının farklı hastalık fenotipleri farklı gen ifade profilleri sergilemektedir ve bu durum, M x V ve O x V karşılaştırmalarında çarpıcı olarak belirgin hale gelmektedir. Türk BS olgularında CLEC12A, IFI27 ve CLC genlerini ilgilendiren ifade değişiklikleri, hastalık patogenezinde rol oynuyor olarak görülmektedir. Genellikle BS hastalık yelpazesinin "hafif" ucunda yer aldığı düşünülen mukokütan BS, doğal bağışıklık yanıtı süreçlerinde zenginleşme göstermektedir. Bunun zıttı olarak, hastalık yelpazesinin "ağır" ucunda yerleşmiş olan oküler ve vasküler BS fenotipleri ise, adaptif bağışıklık yanıtı başlıklarına ait zenginleşme sergilemektedir. Bu bulgulara dayanarak, gelecek araştırmalar BS hastalık fenotiplerinin immünogenetik heterojenitesini dikkate almalıdır. İki antienflamatuvar gen, yani CLEC12A ve CLC, BS durumunda tedavi hedefi olarak değer taşıyabilir ve deney modeli geliştirilmesine yardımcı olabilir.