Meme Kanserinde Kodlanmayan RNA'ların Düzenleyici Rollerinin Biyoinformatik Olarak Araştırılması

---

Tezin Türü: Doktora

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Biyoteknoloji Enstitüsü, Biyoteknoloji Anabilim Dalı, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2025

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: BEGÜM KARAOĞLU

Danışman: Bala Gür Dedeoğlu

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Meme kanseri, dünya çapında kadınlar arasında en yaygın görülen kanser türüdür. Bu durum, hastalığın tanı ve tedavisinde kullanılabilecek yeni ve etkin biyobelirteçlerin keşfinin önemini vurgulamaktadır. Gen ifadesinin kontrolünde görev alan moleküllerin (transkripsiyon faktörleri, miRNA'lar ve lncRNA'lar gibi) birbirleriyle olan etkileşimlerinin belirlenmesinin, meme kanser oluşumunda rol oynayan karmaşık süreçlerin sistem biyolojisi yaklaşımıyla çözülmesine katkı sağlayacağı düşünülmektedir. Bu amaçla tez çalışması kapsamında, invaziv duktal meme kanseri (IDC) hastalarından elde edilen 179 tümör ve 51 normal doku içeren 5 Yeni Nesil Dizileme (NGS) çalışması ile 490 tümör ve 122 normal doku içeren 8 mikrodizin çalışmasına ait ifade verileri GEO veri tabanından elde edilmiştir. Diferansiyel ifade analizleri sonucunda mRNA, miRNA, lncRNA ve TF düzenleyici moleküllerine ait ifade verileri, tez kapsamında geliştirilen devre analiz programı miRCuit'a yüklenerek incelenmiştir. Analizler sonucunda elde edilen devrelerden lncRNA CASC15, miR-130b-3p ve transkripsiyon faktörü KLF5'in meme kanseri oluşumunda önemli düzenleyici elemanlar olduğunu belirlenmiştir. Geliştirilen program ve bu çalışma sonucunda ortaya koyulan devrelerin, düzenleyici moleküller arasındaki ifade değişikliklerinin etkilerini anlamaya yardımcı olacağı ve tümör gelişimi sürecine dair kapsamlı bir bakış açısı sunacağı düşünülmektedir. Ayrıca, geliştirilen bu program, farklı çalışma alanlarından araştırmacıların düzenleyici devreler oluşturmasına olanak tanıyacaktır.