Fasulye (Phaseolus vulgaris L.) bitkisinde WOX gen ailesi üyelerinin genom düzeyinde tanımlanması ve tuz stresi sırasında ifade profilleri
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, BİYOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2021
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: SİMAY EZGİ AKBULUT
Danışman: İLKER BÜYÜK
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Homeobox transkripsiyon faktörlerinin bir sınıfı olan WUSCHEL- Related Homeobox (WOX) gen ailesi bitkilere özgü embriyonik modelleme ve gelişim, kök hücre onarımı, organ ve tohum oluşumu ve izole edilen doku-organların yenilenmesi gibi önemli gelişim süreçlerinde rol oynar. Bu tez çalışmasında transkripsiyon faktörü olan WOX gen ailesi üyelerinin, evrimsel süreçlere katkısını aydınlatmak ve bitki biyoteknolojisi sahasına fayda sağlamak için birtakım biyoinformatik veri tabanları ve programlar kullanılarak tanımlanması ve karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Fasulye genomuna ait toplamda 18 adet WOX (Phvul-WOX) geni tanımlanmıştır. Tanımlanan gen ailesi üyelerinin; dizilerin hizalanması, korunmuş motiflerin belirlenmesi, proteinlerin homoloji modellemesi, gen duplikasyonları, homolog, homolog olmayan değişim oranları saptanmıştır. Bunların yanında; ekzon-intron analizi, filogenetik analizler, promotor bölgelerin analizi, hücre dışı yerleşim oranlarının tespiti, miRNA analizi, sinteni analizi, doku-spesifik mRNA ve tuz stresiyle ilişkili genlerin in siliko ifade analizi gerçekleştirilmiştir. Oluşturulan filogenetik ağaç WUS, orta ve eski olmak üzere üç sınıfa ayrılmıştır. Ağacın güvenilirliği motiflerin belirlenmesi ve ekzon-intron aracılığıyla doğrulanmıştır. Phvul-WOX genlerinin bitkinin yaprak dokusundaki in siliko ifade analizi ve hedeflenen genlerin tuz stresi muamelesi sonrasında qPCR reaksiyonlarıyla mRNA ifade seviyeleri tespit etmekle birlikte verilerin normalizasyonu ve istatiksel analizi gerçekleştirilmiştir. Böylelikle bu çalışma P. vulgaris türünde WOX genlerinin tanımlanması ve tuz stresi ile ilişkilerinin tespiti konuları noktasında bir ilk olmaktadır. İlerleyen zamanlarda gerçekleştirilecek çalışmalara kaynak niteliğindedir.