Türkiye'de levrek kuluçkahaneleri ve işletmelerinde viral nervöz nekrozis (VNN) virusu'nun araştırılması, epidemiyolojisi ve moleküler karakterizasyonu
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, VİROLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2019
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: MURAT KAPLAN
Danışman: MEHMET TANER KARAOĞLU
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Bu çalışma, Türkiye'de tüm levrek kuluçkahaneleri ve bazı yetiştirme işletmelerinde, levreklerde önemli viral bir hastalık olan Viral Nervöz Nekrozis (VNN) etkeni betanodavirus yaygınlığının araştırılması amacıyla gerçekleştirilmiştir. Çalışmada ayrıca, OIE tarafından önerilen Real Time RT-PCR metodunun kantitatif olarak optimizasyonu gerçekleştirilerek analitik sensitivite, lineer tespit aralığı, minimum tespit limiti, spesifite, tekrarlanabilirlik ve tekrar üretilebilirlik validasyon çalışmaları yapılan VNN teşhisi akredite bir metot olarak Balık Hastalıkları Ulusal Referans Laboratuvarına kazandırılmıştır. Türkiye'de betanodavirus yaygınlığı faaliyette bulunan tüm levrek kuluçkahanelerinde (n:16) döllenmiş yumurta, prelarva (0-5 gün), postlarva (5-40 gün), fry (40-80 gün) ve fingerling (80-120 gün) olmak üzere tüm üretim aşamalarından ve bazı levrek yetiştirme işletmelerinden (n:20) epidemiyolojik temelli örnekleme ile araştırılmıştır. Bu kapsamda; her grup 10-30 örnekten oluşmak üzere, 8 kuluçkahaneden 15 grup döllenmiş yumurta, 9 kuluçkahaneden 14 grup prelarva, 13 kuluçkahaneden 22 grup postlarva, 13 kuluçkahaneden 43 grup fry ve 9 kuluçkahaneden 41 grup fingerling olmak üzere toplam 135 çalışma grubu oluşturulmuş ve toplamda 2460 örnek kuluçkahane; 720 levrek örneği de yetiştirme işletmeleri araştırmasında kullanılmıştır. Betanodavirus RNA'sı, bir kuluçkahanede fingerling boylarda ve bir yetiştirme işletmesinde de küçük boy balıklarda sırasıyla 4,82x102, 3,10x102 kopya/µl olmak üzere düşük viral yük ile tespit edilmiştir. Türkiye kuluçkahanelerinde prevalans % 6,25 (1/16); yetiştirme işletmelerinde ise % 5 olarak hesaplanmıştır. Virus SSN-1 hücre kültüründe üretilmiş, vakuolizasyon ve lizis ile karakterize CPE meydana getirmiştir. Virus tespit edilen kuluçkahane ve ilişkili olduğu bilinen kuluçkahanelerde yapılan epidemiyolojik çalışmada virus tekrar tespit edilememiştir. Yetiştirme işletmesinin ise virus tespit edilen kuluçkahanenin devamı niteliğinde olduğu ve aynı lokalizasyonda oldukları belirlenmiştir. Virus, biyogüvenlik önlemlerinin uygulanmadığı deniz suyunun direkt kullanıldığı adaptasyon bölümünde bulunan fingerling boy levreklerde tespit edilmiştir. Tespit edilen virusların hem RNA1 hem RNA2 segmentinin kısmi genom analizinde, Akdeniz havzasında endemik olarak bulunan Redspotted grouper nervous necrosis virus (RGNNV) genotipi oldukları belirlenmiştir. Genotipi belirlenen pozitif örneklerin hem RNA1 hem RNA2 segmentine göre tüm genom ve filogenetik analiz çalışmaları yapılmıştır. İzolatların RNA1 ORF (Protein A) tüm dizilerinin İtalya, ardından Tayvan ve Singapur izolatları ile; RNA2 ORF (kapsid protein) tüm dizilerinin ise Çin, ardından Japonya, İspanya ve İsrail izolatları ile benzerlik gösterdiği ortaya konulmuştur. Sonuç olarak bu çalışma ile, Türkiye'de tüm levrek kuluçkahaneleri ve yetiştirme işletmelerindeki betanodavirus yaygınlığı tüm yaş gruplarını kapsayacak şekilde araştırılmış ve sadece fingerling boy balıklarda virus tespit edilmiştir. Virusun izole edildiği kuluçkahane ve işletmede mortalitelerin olmaması, levreklerin sağlıklı görünümde olmaları ve tespit edilen viral yükün düşük olması enfeksiyonun subklinik olduğunu, biyogüvenliğin uygulandığı diğer yaş gruplarında virusun tespit edilmemesi aktif bir enfeksiyon olmadığını göstermektedir. Bu bilgiler ışığında kuluçkahanelerde betanodavirus sirkülasyonunun olmadığı, tespit edilen virusun ise deniz suyu kaynaklı olabileceği değerlendirilmiştir.