Testis biyopsisinde matürasyon arresti saptanan olgularda MLH1 varyantlarının araştırılması
Tezin Türü: Tıpta Uzmanlık
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Dahili Tıp Bilimleri Bölümü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2022
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: YASEMİN ÜLGER
Danışman: Timur Tuncalı
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Amaç: İnfertilite tüm dünyada çiftlerin %13-15'ini etkileyen önemli bir sağlık sorunudur ve olguların yaklaşık yarısı erkek infertilitesinden kaynaklanmaktadır. Nonobstruktif azoospermi (NOA) erkek infertilitesinin önde gelen nedenlerinden biri olmakla birlikte olguların %85'inde genetik ve moleküler nedenler henüz aydınlatılamamıştır. Testis biyopsisi sonuçları kullanılarak yapılan endofenotipleme ile NOA'da tek gen varyantlarının araştırılması güncel bir yaklaşımdır ve bugüne kadar bu yaklaşımla NOA olgularının bir kısmından TEX11, MEIOB gibi birkaç genin sorumlu olduğu gösterilmiştir. Öncellikle kanserdeki rolüyle bilinen ve bir yanlış eşleşme onarımı (MMR) proteini olan MLH1'in mayozda rekombinasyon odaklarında yerleşim gösterdiği ve MSH4, MSH5, MLH3 ile birlikte rekombinasyonda görev aldığı hem hayvan hem de insan çalışmalarında gösterilmiştir. NOA'lı olguların testis dokularında anti-MLH1 antikorlarıyla yapılan immünositokimyasal incelemelerde MLH1 odaklarının sayısında azalma ile MLH1 fonksiyon bozukluğunun diğer bir göstergesi olan mikrosatellit instabilitesinde ise artış olduğu saptanmıştır. Öte yandan MLH1 geni varyantlarının insanlarda erkek infertilitesi, NOA ve testis biyopsisi sonuçları ile ilişkisini olumlayan veya olumsuzlayan bir çalışmaya henüz rastlanmamıştır. Bu projede literatürdeki bu eksikliği gidermek amacıyla testis biyopsisi sonucunda öncelikle matürasyon arresti olan veya hipospermatogenez saptanan NOA'lı olgularda yeni nesil dizileme ile MLH1 varyantlarının araştırılması hedeflenmiştir. Gereç ve yöntem: Toplamda 42 hastanın onamları alındıktan sonra periferik kan örnekleri EDTA'lı tüplerde -20°C'de çalışma başlayana kadar saklanmıştır. Primerlerin oluşturulmasında MLH1 geninin biyolojik olarak en yaygın ifadesi olan ve en uzun transkriptine göre (NM_000249.4), promoter bölgesini de içerecek şekilde literatür bilgisi kullanılmış ve Primer3, in-silico PCR ve BLAT ile özgünlükleri teyit edilmiştir. Dreamtaq master miks kullanılarak amplikonlar elde edilmiş ve %2'lik agaroz jelde PCR doğruluğu tespit edildikten sonra yeni nesil dizileme ile dizilenmiştir. Yeni nesil dizileme tamamlandıktan sonra ".BAM" uzantılı dosyalarda 42 hastanın MLH1 genindeki varyantlar IGV programında incelenmiştir. Varyantlar VarSome kullanılarak ACMG kriterlerine göre sınıflandırılmıştır. Sapyanan varyantlar Sanger dizileme ile de doğrulanmıştır. Bulgular: 13 benign, 5 olası benign, 6 önemi bilinmeyen, 1 olası patojenik ve 1 patojenik varyant tespit edilmiştir. Lys618Ala olası patojenik, Val326Ala ise patojenik varyant olarak sınıflandırılmıştır. Sonuç: Araştırmamızda matürasyon arrestine bağlı NOA fenotipi için risk oluşturabilecek ya da yatkınlık yaratacak iki kodlayıcı varyant bulunmuştur. V326A ve K618A olan bu varyantlar dışında önemi bilinmeyen bazı varyantlar literatürde ilk kez ortaya konmuştur. Ek olarak, benign veya olası benign olarak sınıflandırılmakla birlikte, bir promoter varyantı rs1800734 ve iki 3'UTR varyantı kompleks hastalık patofizyolojisi ile uyumlu olarak NOA'da yatkınlık oluşturabileceği şeklinde değerlendirilmiştir. Bu varyantlar NOA'da monogenik etkiden çok kişiselleştirilmiş tıp kapsamında yatkınlık faktörleri olarak önerilebilir. Bu yatkınlık faktörlerinin MLH1 varyantları olmasının önemi, erkek genel sağlık durumunun göstergesi olarak kabul edilen erkek infertilitesiyle kanser arasında bağlantı kurmasında yatmaktadır.