Morchellaceae Üyelerini Doğal Olarak Enfekte Eden RNA Mikovirüslerinin Tanımlanması ve Moleküler Olarak Nitelendirilmesi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyoloji Bölümü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2025
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: HATİCE SAİF
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Ilgaz Akata
Eş Danışman: Ergin Şahin
Özet:
Bu tez çalışmasında, Türkiye’nin farklı bölgelerinde yayılış
gösteren Morchellaceae
üyelerini enfekte eden mikovirüslerin tespit edilmesi, genom dizilerinin tüm
veya tüme yakın halde belirlenmesi, moleküler özelliklerinin,
biyoçeşitliliklerinin ve filogenetik özelliklerinin ortaya çıkartılması araştırılmıştır.
Morchellaceae üyelerinin
genomik DNA'ları CTAB yöntemi kullanılarak izole edilmiştir. ITS gen
bölgelerini belirlemek amacıyla polimeraz zincir reaksiyonu gerçekleştirilmiş
ve sanger dideoksi zincir sonlanma yöntemi ile diziler elde edilmiştir. Sonrasında,
diziler BLASTn ile analiz edilerek Morchellaceae
üyelerinin moleküler tür teşhisleri gerçekleştirilmiştir. Fungus örneklerinden
dsRNA ekstraksiyonu yapılarak virüs ile enfekte olmuş örnekler tespit edilmiş,
cDNA'ya çevrilmiş ve rastgele polimeraz zincir reaksiyonu ile diziler
çoğaltılmıştır. Yeni nesil dizileme yöntemi kullanılarak, enfekte örneklerdeki
virüslerin dizileri elde edilmiştir. Virüs ile ilişkili dizilerin tüm genomunun
elde edilmesi için RNA ligasyonu ve ardından RACE yöntemi uygulanmıştır.
Biyoinformatik ve filogenetik olarak analiz edilen diziler sonucunda; Morchella
sp.’yi enfekte eden bir yeni mikovirüsün tüm genomu ortaya çıkartılmıştır (Morchella
mitovirus 1). Morchella mitovirus 1’in, 3167 nükleotitlik bir genom uzunluğuna
sahip olduğu ve RNA’ya bağımlı bir RNA polimerazı (RdRp) kodlayan tek bir açık
okuma çerçevesini (ORF) kapsadığı belirtilmiştir.