Kanatlı kökenli escherichia coli'lerin filogruplandırılması

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2017

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: MEHMED OMEROVIC

Danışman: HAMİT KAAN MÜŞTAK

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Filogruplandırma, E. coli suşlarının karakteristik özelliklerinin anlaşılması, enfeksiyonların önlenmesi, kontrol edilmesi ve yeni tedavi yöntemlerinin belirlenmesinde önemli rol oynamaktadır. Bu çalışmada kanatlı kökenli E. coli (APEC ve AFEC) suşlarının filogruplandırılması amaçlandı. Çalışmada identifiye edilen 150 adet APEC ve 150 adet AFEC suşunun filogruplandırılması kuadrupleks PCR (Clermont ve ark., 2013) metodu ile araştırıldı. Filogruplandırma sonucu incelenen 150 adet APEC suşunun 4'u A (% 2,66), 43'ü B1 (% 28,66), 38'i B2 (% 25,33), 2'si C (% 1,33), 18'i E (% 12), 5'i F (% 3,33), 1'i Clade I (% 0,66), 2'si negatif (% 1,33) olarak gruplandırıldı ve gruplandırılmayan 37 (% 24,66) suş tespit edildi. İncelenen 150 adet AFEC suşunun 5'i A (% 3,33), 8'i B1 (% 5,33), 16'si B2 (% 10,66), 16'si C (% 10,66), 1'i D (% 0,66), 27'si E (% 18), 9'u F (% 6), 3'ü Clade I veya Clade II (% 2) olarak gruplandırıldı ve gruplandırılmayan 51 (% 34) suş tespit edildi. Escherichia coli enfeksiyonlarının önlenmesi amacıyla geliştirilecek olan aşılarda mutlaka yersel suşların kullanılması ve bu suşlara ait özelliklerin belirlenmesi gerektiği anlaşıldı. Bununla birlikte genotipik olarak çok çeşitlilik gösteren E. coli suşlarının, özellikle APEC suşlarının, daha detaylı genotipik analizler yapılarak yeni filogrupların araştırılması gerektiği düşünüldü.