Fasulye (Phaseolus vulgaris L.) bitkisinde Trihelix gen ailesi üyelerinin genom düzeyinde tanımlanması ve çeşitli abiyotik stresler sırasında ifade profilleri

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, BİYOLOJİ, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2022

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: SAMET CAN EKER

Danışman: İlker Büyük

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Trihelix transkripsiyon faktörü ailesi, bitki büyüme ve gelişiminin düzenlenmesinde ve çeşitli abiyotik streslere yanıt vermede oldukça önemlidir. GT faktörleri olarak da adlandırılan Trihelix ailesi, korunmuş bir trihelix DNA bağlanma alanına sahip bitkiye özgü bir transkripsiyon faktörü gen ailesidir. Bu tez çalışmasında, fasulyede Trihelix genlerinin genom çapında tanımlanması ve detaylı biyoinformatik analizleri gerçekleştirilmiştir. Genel olarak fasulye genomunda beş alt kategoride (GT-1, GT-2, GTγ, SH4 ve SIP1) sınıflandırılan toplamda 38 adet Trihelix geni (PvTH) olduğu tespit edilmiştir. Tanımlanan bu PvTH'lerin filogenetik ilişkileri, kromozomlar üzerindeki dağılımı, tandem ve segmental duplikasyon durumları, gen yapıları, promotor bölgelerinin analizleri, ekzon-intron yapıları, miRNA analizleri, kodladıkları proteinlerdeki korunmuş motiflerin belirlenmesi, proteinlerin tahmini üç boyutlu yapıları ve Arabidopsis ve soya ile sintenik ilişkilerinin analizi gerçekleştirilmiştir. Ayrıca RNAseq verilerine dayalı olarak tuz ve H2O2 ile ilişkili genlerin ifade analizleri yapılmış ve stres muamelesi sonrası qPCR analizi ile değişen mRNA ekspresyon seviyeleri incelenmiştir. Yapılan tez çalışma sonucunda bazı PvTH genlerinin tuz ve H2O2'ye karşı istatistiksel olarak anlamlı yanıtlar verdikleri belirlenmiştir ve bu genlerin strese karşı verilen cevapta rol oynayabileceği düşünülmüştür. Elde edilen bulgular literatür için yenidir ve fasulye genomunda Trihelix gen ailesinin kapsamlı bir şekilde anlaşılmasına yardımcı olabileceği düşünülmektedir.