HBV cccDNA'yı belirleyen 3 farklı yöntemin karşılaştırılması
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, TEMEL HEPATOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2005
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: ZEYNEP ERGÜL
Danışman: ABDURRAHMAN MİTHAT BOZDAYI
Özet:46 ÖZET HBV cccDNA'YI BELİRLEYEN 3 FARKLI YÖNTEMİN KARŞILAŞTIRILMASI HBV enfeksiyonunda hücre nükleusu içerisinde bulunan cccDNA (kovalent kapalı dairesel DNA) yeni oluşacak virionlar için transkripsiyonel bir kalıp fonksiyonu görür ve enfeksiyonun kalıcı olmasına neden olur. Antiviral tedavilerde kullanılan baz analoglarının hücre nükleusundaki cccDNA üzerine doğrudan etkileri yoktur. Anti viral tedavi sürecinde HBV cccDNA miktarı iyi bir belirteç olarak kullanılabilir. Bu çalışmada cccDNA'yı kantitatif olarak belirleyebildiği bildirilen 3 yöntem karşılaştırmıştır. HBV enfeksiyonlu kişilerden elde edilen taze karaciğer biyopsi ve serum örneklerinde, HBV cccDNA formunu HBV rcDNA (açık dairesel DNA) formundan ayırarak, kantitatif olarak viral yükü saptayabilen yöntemler kullanılmıştır. HBV genomu, rcDNA formunda eksikli yapıdayken, cccDNA formunda tamamlanmış durumdadır. Bu farklılık kullanılarak sadece cccDNA amplifikasyonunu gerçekleştirebilen kimerik primer tasarımı ilk yöntemimizdir. ikinci yöntem ise kendi içinde iki farklı strateji içermektedir. HBV rcDNA formları, ATP bağımlı DNaz kullanılarak ortamdan uzaklaştırıldıktan sonra geriye kalan HBV cccDNA'ların amplifikasyonu cccDNA'ya özgü olan ve negatif sarmaldaki gap bölgesini içeren primer seti ile sağlanır. Çalışmamızda HBV enfeksiyonu olan 14 hastanın karaciğer biyopsi materyalleri ve serum örnekleri kullanılmıştır. Kullanılan her 3 yöntem ile hastalara ait biyopsi ve serum örneklerinde cccDNA pozitif olarak saptandı. HBV cccDNA'nın dolaşımda saptanamayacağı genel kabul gören bir durumdur. Bununla beraber serumda cccDNA saptanabildiğini bildiren çalışmalar artmaktadır. Bu durumun, deneysel bir hatadan mı olduğu yoksa gerçek bir durumu mu yansıttığını ortaya koymak üzere dünyada ilk defa bizim geliştirdiğimiz ATP bağımlı DNaz+Rsa1 yöntemi ile yapılan kontollü deneyle", tüm soru işaretlerini kaldırarak serumda HBV cccDNA varlığını göstermiştir. Anahtar sözcükler: Hepatit B virüsü, cccDNA, LightCycler, Real-time PCR, Polimeraz zincir reaksiyonu