Sporadik kolorektal kanser vakalarında genom ebadında kopya sayısı değişimlerinin ve transkriptom profilinin belirlenmesi ile kanserin gelişmesinde ve ilerlemesinde etken yeni genlerin tanımlanması
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Biyoteknoloji Enstitüsü, Biyoteknoloji Anabilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2013
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: NEVİN BELDER
Danışman: HİLAL ÖZDAĞ SEVGİLİ
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Kanser, sık görülmesi ve mortalitesinin yüksek olması bakımından dünyanın en önemli halk sağlığı sorunlarının başında gelmektedir. Kolorektal kanser ise maligniteler içinde mortalitede akciğer ve meme kanserinden sonra üçüncü sırada yer almaktadır. Kanser vakalarının büyük çoğunluğunda olduğu gibi kolorektal karsinomlarda da vakaların önemli bir kısmını (%85-90) sporadik olguların oluşturduğu bilinmektedir. Karsinogenez sürecine iyi bir model teşkil eden bu kanser, yaygın görülmesinin de etkisiyle araştırmalara sıklıkla konu olmuştur. Ancak heterojen yapısı, poligenik ve çok basamaklı doğası kanserin başlangıç, ilerleme ve yayılmasının altında yatan moleküler mekanizmalarda karanlıkta kalan pek çok nokta bırakmıştır. Ayrıca yaygın görülen bu kanser türünde prognostik ve terapötik hedeflere olan ihtiyaç her geçen gün artmaktadır. Bu noktadan yola çıkarak planladığımız çalışmada tümör hücrelerindeki bozulmuş gen ekspresyon paterninin ve tümörigenezis boyunca oluşan spesifik genomik değişikliklerin belirlenmesi ve entegre edilmesi kapsamında kanserin ortaya çıkış ve ilerleyiş mekanizmalarının altında yatan gerçeklerin tespit edilmesi, yeni prognostik ve terapötik hedeflerin tanımlanması amaçlanmıştır. Bu çalışmada 50 sporadik kolorektal kanser vakasının rezeksiyon materyellerinden alınan kesitlerden manuel mikrodisseksiyon ile ayrılmış tümör ve normal hücrelerinden (tümör/normal toplam 100 örnek) izole edilmiş DNA ve RNA örnekleri ile genom ebadında genom ve transkriptom profili çıkarılmış olup; gen ekspresyon profilleri ile array bazlı komparatif genomik hibridizasyon sonuçları biyoinformatik analizlerin ardından ortak gen bölgelerinin tespit edilebilmesi için entegre edilmiştir. Bu tez çalışması, öngörülen metodolojinin kapsamı ve entegre tasarım yaklaşımı ile birlikte sporadik kolorektal kanseri bir bütünlük içinde inceleyen ilk çalışmadır. Genom ebadında gen ifade analizleri sonucunda tümör-kontrol karşılaştırmasında en az 2 kat değişim ile 346 genin ifadesinde artma gözlenirken 576 genin ifadesinde azalma olduğu belirlenmiştir (p<0.001). Bu karşılaştırmada hücre döngüsü, kanser yolağı, fokal adezyon, ekstraselüler matriks reseptör ilişkisi, p53 sinyal yolağı, apoptozis, metabolizma ve MAPK sinyal yolakları ön plana çıkan yolaklar olmuştur. Sol kolon ve sağ kolon arasında gen ifade profiline göre anlamlı bir farklılık tespit edilemezken grade II ve III örnekleri gen ifade profillerine göre 2 gruba ayrılmıştır. Kopya sayısı değişikliklerinde 2±0.35 değişimi ile toplam 20.984 segment tanımlanmış olup yeni ve daha önce tanımlanmış bölgeler tespit edilmiştir. Bu iki kapsamlı verinin entegrasyonu sonucunda %20 sıklıkla görülen kopya sayısı değişikliklerinin toplam 69 bölgede 79 genin ifadesini etkilediği tespit edilmiştir. Özetle belirlenen genlerin arasında kolorektal kanserle daha önceden ilişkilendirilmiş ve ilişkilendirilmemiş olanlar bulunmaktadır. Bu genlerin tümör ve kontrol grupları ile grade II ve grade III gruplarını birbirlerinden net olarak ayırma gücüne sahip olmaları prognostik ve diagnostik önemlerini belirlemektedir. Anahtar Kelimeler:Sporadik kolorektal kanser, mikrodizin, gen ifade analizi, kopya sayısı değişikliği, entegrasyon.