Termal kaynak mikrobiyomunun çevresel dna metabarkodlama ile belirlenmesi

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Biyoteknoloji Enstitüsü, Biyoteknoloji Anabilim Dalı, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2021

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: IŞILAY ÇELİK

Danışman: EMRE KESKİN

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Belirli bir habitat içerisinde yaşayan mikroorganizmaların (bakteri, arke, virüs vs.) genomları mikrobiyom olarak tanımlanmaktadır. Evrensel primerler aracılığıyla çevresel DNA örneği içerisinden birden fazla türe ait kısa nükleotit dizilerinden oluşan ve türler arası farklılık gösteren barkod bölgesi polimeraz zincir reaksiyonu ile çoğaltılması tekniği eDNA metabarkodlama olarak isimlendirilmiştir. Son zamanlarda daha doğru ve detaylı mikrobiyom analizlerinin gerçekleştirilmesi için yüksek verimli DNA dizileme teknolojilerine başvurulmaktadır. Birçok mikroorganizmanın habitatı olan ve ekstrem koşullara sahip termal kaynaklar, henüz tam olarak keşfedilmemiş biyolojik çeşitlilik barındırır. Termal kaynaklardaki yaşamın çeşitliliğinin kültür gibi konvansiyonel tekniklerle tespiti, bu kaynakların fizikokimyasal yapılarından ötürü simüle edilmesi zor ortamlar oluşturmasından dolayı oldukça sınırlıdır. Bu çeşitliliğin tespiti özellikle biyoteknoloji alanında olası araştırma ve geliştirme potansiyelleri için önem arz etmektedir. Bu tez çalışması ile termal kaynak mikrobiyomunun bu kaynaklardan izole edilen çevresel DNA'ların metabarkodlamasıyla tespit edilmesi, sıcaklık ve kimyasal içerikten kaynaklanan farklılıkların mikrobiyoma yansımasının ortaya konması ve biyoteknolojik araştırmalarda kullanılmak üzere bir veri tabanı oluşturulması amaçlanmıştır. Böylece Türkiye'de eDNA metabarkodlama yöntemi kullanılarak termal kaynak mikrobiyom tespitinin yapıldığı ilk çalışma olmakla beraber dünya literatürüne bu alanda ham verilerin analizine yönelik yeni bir biyoinformatik iş akışı ve metabarkodlamaya uygun referans veri tabanı oluşturulmuştur.