Myelodisplastik sendrom (MDS) ve akut myeloid löseminin (AML) epigenetik profillerinin belirlenmesi suretiyle MDS ve AML prognozunda yeni moleküler belirteçlerin tanımlanması
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Üniversitesi, Biyoteknoloji Enstitüsü, Biyoteknoloji Anabilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2014
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: HÜLYA SÜMER ÇELEBİ
Danışman: HİLAL ÖZDAĞ SEVGİLİ
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Myelodisplastik sendrom (MDS), hematopoiezisin bozulması ile ortaya çıkan, hücresel fonksiyon bozukluğu ile karakterize ve akut myeloid lösemiye (AML) dönüşme riski yüksek olan bir hastalıktır. Hematopoietik kök hücrelerin nicelik ve niteliğinde meydana gelen hasarlar sonucunda MDS hastalarının %35-40'ında giderek kötüleşen sitopeni ile birlikte AML'ye dönüşüm görülmektedir. Heterojen özelliğe sahip olan MDS hastalığında daha etkin teşhis ve tedavi sağlanması amacıyla FAB (French-American-British) ve WHO (Dünya Sağlık Örgütü) tarafından yapılan sınıflandırmalarda çeşitli kriterler dikkate alınmış olmasına rağmen MDS'ye ilişkin prognozun öngörülmesinde henüz tam anlamıyla başarı sağlanamamıştır. Bugüne kadar MDS'nin patogenezine ait moleküler mekanizmanın aydınlatılmasında önemli katkılar sağlayan pek çok araştırma yapılmış ve hastalıkla ilişkilendirilen sitogenetik, genetik ve epigenetik değişimler tespit edilmiştir. Özellikle bazı tümör baskılayıcı genlerin inaktivasyonuyla sonuçlanan metilasyon paternindeki değişikliklerin hastalığın ortaya çıkmasına neden olan epigenetik süreçlerin arasında olduğu belirlenmiştir ancak yine de yapılan tüm bu çalışmalar ve eldeki veriler MDS'nin moleküler mekanizmasını, alt tiplerini, alt tipleri birbirinden ayıran moleküler sınırları ve hastalığın prognozunu bütünüyle açıklamakta yetersiz kalmaktadır. Bu durum MDS'ye yönelik tedavi rejimlerinin spesifitesini ve etkinliğini de olumsuz etkilemektedir. MDS'nin moleküler mekanizmasında önemli bir bileşen olan epigenetiğin tedavide kullanılabileceğinin anlaşılması ile tedavi protokolüne giren ve demetile edici bir ajan olan 5-azasitidin'in yüksek riskli MDS hastalarının %50'sinde sitopeniyi iyileştirdiği bilinmektedir. Bu bilgilerden yola çıkılarak planlanan tez çalışmasında MDS ve MDS-AML hastalarında 5-azasitidin'in epigenetik profil üzerine etkisinin değerlendirilmesi ile teşhis ve tedavide kullanılabilecek yeni moleküler belirteçlerin tanımlanması amaçlanmıştır. Tez çalışması kapsamında 18 hastanın tedavi öncesi ve sonrası, 15 hastanın sadece tedavi öncesi ve 5 sağlıklı kontrolün kemik iliği örneği alınmıştır. CD34+/CD117+/CD133+ hücrelerden izole edilen DNA kullanılarak promotor arraylerle metilasyon analizleri yapılmıştır. Biyoinformatik analiz ile tespit edilen genlerin ekspresyon seviyeleri ise RNA örnekleri üzerinden QRT-RT PCR ile belirlenmiştir. 5-azasitidin'in genom ebadında metilasyon profili üzerine olan etkilerinin MDS ve MDS-AML hasta örnekleri kullanılarak ilk kez incelendiğinde bu çalışmada gerçekleştirilen metilasyon analizleri sonucunda tedavi öncesi ve sonrası karşılaştırmasında 58, tedavi öncesi (eşli) örnekler ve kontrol karşılaştırmasında 452, tedavi öncesi (tek) ve kontrol karşılaştırmasında 614, tedavi öncesi tüm örnekler ve kontrol karşılaştırmasında 415 ve tedavi sonrası ve kontrol karşılaştırmasında ise 377 farklı metilasyon gösteren bölge tespit edilmiştir. Karşılaştırmalarda, doğal öldürücü hücre aracılı sitotoksisite, fokal adezyon, kemokin sinyal yolağı, endositozis ve aktin hücre iskeleti regülasyonu ön plana çıkan yolaklardır. Bu çalışma ile MDS'nin moleküler patogenezinde önemli bir yeri olan epigenetik regülasyonun rolü MDS ve MDS-AML hastalarında DNA metilasyon değişimleri seviyesinde ortaya konmuştur.