Akademik Veri Yönetim Sistemi
Bu dersin amacı, organizmanın/organizmaların yapısını, fonksiyonlarını ve dinamiklerini dönüşen biyolojik molekül havuzlarıyla toplu karakterizasyonunun ve miktarının belirlenmesini ve bu yolların hangi tekniklerle yapılabileceğini derinlemesine analiz etmektir.
Ayrıntılı haftalık ders konularının belirtildiği program
Haftalar | Teorik | Uygulama |
Omiks teknolojilerine giriş | Omiks teknojisi ve alt dallarının tanıtılması | |
Tüm genom dizileme | Shotgun ve Klon-kontiq yöntemlerinin tanıtılması | |
Vektörler ve özellikleri | Plazmit, viral, kozmit, BAC ve YAC vektörlerinin derinlemesine analizi | |
1. nesil dizileme teknikleri | Sanger ve maxam gilbert yöntemlerinin tanıtılması | |
Yeni Nesil Dizileme teknolojilerine temel bakış ve kullanım alanları | 2. ve 3. nesil dizileme teknolojilerinin tanıtılması | |
Transkriptomiks | Gen ifade profillerinin çıkarılması | |
Transkriptomiks alanına ait teknolojler | Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu, Revers-Transkriptaz Polimeraz Zincir Reaksiyonu, Differential Display Yöntemi (DİDİ), Suppression Subtractive Hybridization (SSH), Serial Analysis Gene Expression (SAGE) | |
Transkriptomiks alanına ait teknolojler | Mikroarray yöntemi, RNA-seq Yöntemi | |
Proteomiks | protein yapıları, post-translayonal modifikasyonlar | |
Proteomiks | 2D jel elektroforezi; izoeletkrik odaklama (IEF) ve moleküler ağırlık | |
Proteomiks | Proteom analiz basamakları | |
Proteomiks | Kütle spektrometresi (MS); size exclusion kromotografisi, iyon değişim kromotografisi, affinity kromotografisi, gaz kromotografisi, sıvı kromotografisi, yüksek basınçlı sıvı kromotografisi, NMR | |
Kütle spektrometresi (MS) | Kütle spektrometresi (MS) bölümleri; inlet, iyonlaştırma kaynağı, kütle analizi, dedektör, data sistemi | |
Metabolomiks | Metabolom parmakizi, metabolom hedefleme, metabolom profilleme |