Akademik Veri Yönetim Sistemi
Alkan F. (Yürütücü)
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje, 2018 - 2020
Bu çalışmada; farklı illerde (Ankara, Denizli, Burdur,
Erzurum, İzmir, Tokat, Hatay) yerleşik sığır yetiştiriciliği işletmelerinde
bulunan, solunum ya da sindirim sistemi enfeksiyonu klinik bulgularını gösteren
119 buzağı/erişkin sığırdan sağlanan tanı materyalleri (41 gaita ve 78 nazal
akıntı) BCoV varlığı yönünden sorgulanmış; ardından yerel BCoV’ların (n=11) S glikoproteini kodlayan genin kısmi
analizi (S1 gen bölgesi) / tüm analizi yapılmıştır. Elde edilen nükleik asit ve
amino asit dizinleri, klinik materyalin türü ve yerel viruslarda saptanan
mutasyonlar incelenerek, S genin farklı sistemlere tropizm oluşumundaki olası
önemi üzerine değerlendirmeler yapılmıştır.
N gen bölgesine yönelik RT-Nested PCR yöntemi ile test
edilen örneklerden, 35’i (9 gaita ve 26 nazal akıntı) BCoV yönünden pozitif
bulunmuştur. Bu yerel virusların (n=35) tüm S gen bölgesinin elde edilmesini
hedefleyen RT-PCR’lar sonrasında, 11 örnek için yerel BCoV kısmi/tüm S gen
bölgesi dizinleri elde edilmiştir. Bu dizinler Türkiye’de daha önce bildirilen
dizinler, farklı ülkelerde saptanan BCoV suşları ve referans virusların
dizinleri (enterik orijinli Mebus ve solunum sistemi orijinli LSU) ile
karşılaştırmalı olarak incelenmiştir.
Sonuç olarak bu çalışmada buzağı ishallerdeki önemi
iyi bilinen BCoV’ların solunum sistemi enfeksiyonlarına da önemli oranla
katılımının olduğu, yerel suşların pek çok farklı amino asit değişimi
göstermelerine karşın önemli ölçüde birbirine benzer olduğu, nasal akıntı ya da
gaita orijinli bazı yerel viruslarda ısrarcı değişimlerin varlığı tespit
edildi. Farklı sistemlere tropizm yönünden yerel BCoV S gen bölgesi amino asit
dizinleri incelendiğinde, literatürde daha önce tropizm ile ilişkilendirilen
bazı değişimlerin bir kısmının yerel viruslarda da bulunduğu görüldü. Bu
çalışma Türkiye’de BCoV S gen bölgesinin tüm gen analizinin bildirildiği ilk
çalışmadır.